В Первую мировую войну Вилигут принимал участие в боевых действиях на русском и итальянском фронтах, по некоторым данным был 11 раз ранен. С августа 1917 г. по апрель 1918 г. он командовал 59-й пехотной бригадой. Вилигут в конце войны был комендантом лагеря для демобилизованных солдат в Жолкеве.
С военной службы Вилигут уволился в 1919 году в звании полковника.
После войны Вилигут начал реконструкцию истории и мифологии древних германцев. В это же время его стали преследовать финансовые и семейные проблемы, вследствие которых он по навету родственников был заключен в сумасшедший дом где и находился с 1924 по 1927 года, хотя сам Виллигут был тогда уверенный, что является жертвой масонского заговора.
Будучи выписанным из больницы он некоторое время жил в Вене, а потом в 1932 Вилигут эмигрировал в Германию, где познакомился с рейхсфюрером СС Гиммлером, при протекции которого занял пост главы Отдела по изучению ранней истории (под псевдонимом Карл Мария Вайстор), созданного специально для Вилигута в рамках СС.
На этом посту он трудился очень активно и был замечен и повышен в должности извании!
В апреле 1934 Вилигут получил звание штандартенфюрера СС, в ноябре 1934 году – оберфюрера, а в 1935 году – бригаденфюрера с назначением в Берлин.
С 1 октября 1934 года он возглавлял архивное управление в Главном управлении СС по вопросам расы и поселения.
Отличная карьера как для «мнимого шизофреника»!?
В 1936 году Вилигут вместе с Гюнтером Кирхоффом в рамках института Аненербе начал раскопки в Шварцвальде на холме Мург близ Баден-Бадена, где, по его словам, находились руины древнего поселения ирминистов.
В СС Вилигут выполнял роль ирминистского священника, участвуя в брачных ритуалах в эсэсовском замке Вевельсбург.
Он также разработал дизайн кольца Мёртвой головы, которым Гиммлер собственноручно награждал отличившихся офицеров. В то же время Вайстору был поручен анализ трудов Юлиуса Эволы.
Но так хорошо начавшаяся карьера быстро закончилась в 1939 когда Виллигут был уволен по причине слабого здоровья и возраста.
Тем не менее, Гиммлер не отстранился от Вилигута полностью, порой обращаясь к нему за советами.
В 1940 году Вилигут поселился в Австрии, где провел остаток войны. После войны он решил вернуться в Германию, но по дороге скончался.