1. Помощь в организации паломничества на Святую Землю (и не только) и обустройство паломников: гостиницы, странноприимные дома, больницы.
2. Помощь православному населению Святой Земли. Отчасти благотворительная, но в первую очередь просветительская: школы и учительские семинарии.
3. Исследовательская работа, посвященная изучению христианства на Святой Земле. Издательская деятельность.
Таким образом, Общество брало на себя значительную часть хозяйственной и административной работы, освобождая от нее Русскую Духовную Миссию. Очень важной частью работы была деятельность внутри России по популяризации идеи паломничества и русского присутствия на Святой Земле, а также сбору средств. Во многих епархиях Русской Церкви были открыты представительства ИППО. Оно было общественной, а не государственной организацией, но то, что во главе его стоял брат царя, придавало Православному Палестинскому Обществу подлинно общенациональный, всероссийский масштаб.
Одним из первых проектов Православного Палестинского Общества стало строительство храма у подножия Елеонской горы, в Гефсимании. Император Александр III и его братья построили в память о родителях два храма: Спас на Крови в Петербурге в память об Александре II и храм Марии Магдалины в Гефсимании – в Иерусалиме – в память об императрице Марии Александровне. Остюда и посвещение храма Марии Магдалине. Оба царских храма строились в русском стиле. На освящении храма в 1888 году присутствовала Вел. Кн. Елизавета Феодоровна, – жена Вел. Кн. Сергея Александровича. Именно здесь она приняла решение стать православной. В 1921 г. мощи Елизаветы Феодоровны упокоились в храме, на освящении которого она была.
Палестинское Общество занималось обслуживанием уже существовавших подворий для паломников, а также строило новые, из которых самым известным стало Сергиевское подворье в Иерусалиме, а также Александровское – в Старом Городе, знаменитое своими раскопками и храмом Александра Невского. За последние 35 лет XIX века – с 1865 по 1901 год – через русские подворья в Иерусалиме прошло около 86 тысяч паломников. Из них 66 % – женщины. Более 97 % прибыли на Святую Землю на пароходах третьим классом. Это говорит о том, что характер русского паломничества был в то время по-настоящему народным, а служение ИППО и Русской миссии – совершенно «демократичным».