30 мая 1689 года Петру I исполнилось 17 лет. К этому времени он, по настоянию матери, царицы Натальи Кирилловны, женился на Евдокии Лопухиной, и, по обычаям того времени, вступил в пору совершеннолетия. Старший царь Иван тоже был женат.
Таким образом, не оставалось формальных оснований для регентства Софьи Алексеевны (малолетство царей), но она продолжала удерживать в своих руках бразды правления.
Пётр предпринимал попытки настоять на своих правах, но безрезультатно: стрелецкие начальники и приказные сановники, получившие свои должности из рук Софьи, по-прежнему выполняли только её распоряжения.
Между Кремлём (резиденцией Софьи) и Преображенским, где жил Пётр, установилась атмосфера враждебности и недоверия. Каждая из сторон подозревала противную в намерении разрешить противостояние силовым, кровавым путём.
В ночь с 7-го на 8-е августа несколько стрельцов прибыли в Преображенское и донесли царю о готовящемся покушении на него. Пётр был очень напуган и верхом, в сопровождении нескольких телохранителей, тут же ускакал в Троице-Сергиев монастырь.
Утром следующего дня туда же отправились царица Наталья и царица Евдокия в сопровождении всего потешного войска, которое к тому времени составляло внушительную военную силу, способную выдержать длительную осаду в троицких стенах.
В Москве известие о бегстве царя из Преображенского произвело потрясающее впечатление: все понимали, что начиналась междоусобица, грозившая большим кровопролитием. Софья упросила патриарха Иоакима поехать в Троицу, чтобы склонить Петра к переговорам, но в Москву патриарх не возвратился и объявил Петра полноправным самодержцем.
27 августа из Троицы пришёл царский указ, подписанный Петром, с требованием всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение царя в сопровождении стрелецких выборных, по 10 человек от каждого полка, за неисполнение – смертная казнь. Софья, со своей стороны, запретила стрельцам покидать Москву, также под страхом смерти.
Некоторые стрелецкие начальники и рядовые стали уходить к Троице. Софья чувствовала, что время работает против неё, и решила лично договориться с младшим братом, для чего выехала в Троицу в сопровождении небольшой охраны, но в селе Воздвиженском была задержана стрелецким нарядом, а посланные ей навстречу стольник И. Бутурлин, а затем боярин, князь Троекуров объявили ей, что царь её не примет, а если она попытается продолжать свой путь в Троицу, к ней будет применена сила. Софья возвратилась в Москву ни с чем.