Об этой неудаче Софьи стало широко известно, и бегство бояр, приказных чиновников и стрельцов из Москвы увеличилось. В Троице их благожелательно встречал князь Борис Голицын – бывший дядька царя, на это время, ставший главным советником Петра, и распорядителем в его ставке. Вновь прибывшим высокопоставленным сановникам и стрелецким начальникам он самолично подносил чарку и от имени царя благодарил за верную службу. Рядовым стрельцам тоже раздавали водку и наградные.
Пётр в Троице вёл образцовую жизнь Московского царя: присутствовал на всех богослужениях, оставшееся время проводил в советах с членами боярской думы и в беседах с церковными иерархами, отдыхал только в кругу семьи, носил русское платье, немцев не принимал, что разительно отличалось от образа жизни, который он вёл в Преображенском и который неодобрительно воспринимался большей частью всех слоёв русского общества – шумные и скандальные застолья и забавы, занятия с потешными, в которых он нередко выступал в роли младшего офицера, а то и рядового, частые посещения Кукуя, а, в особенности, то, что царь с немцами держался, как с равными себе, в то время как даже самые знатные и сановные русские, обращаясь к нему, согласно этикету должны были называть себя его рабами и холопами.
Между тем, власть Софьи неуклонно сыпалась: в начале сентября в Троицу ушла во главе с генералом П. Гордоном наёмная иноземная пехота – наиболее боеспособная часть русского войска.
Там она присягнула царю, лично вышедшему навстречу.
Высший сановник правительства Софьи, «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель», Василий Голицын уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. Активно поддерживал правительницу только начальник стрелецкого приказа Фёдор Шакловитый, всеми средствами старавшийся удержать стрельцов в Москве.
От царя пришёл новый указ – схватить (арестовать) Шакловитого и доставить в Троицу в железах (в цепях) для сыска (следствия) по делу о покушении на царя, а все, кто поддержит Шакловитого, разделят его судьбу.
Остававшиеся в Москве стрельцы потребовали от Софьи выдачи Шакловитого.
Она сначала отказывалась, но была вынуждена уступить. Шакловитый был отвезён в Троицу, под пыткой дал признание и был обезглавлен. Одним из последних явился в Троицу князь Василий Голицын, где он не был допущен к царю, и сослан с семьёй в Пинегу, в Архангельский край.