Российское правление сопровождалось беспощадной эксплуатацией местного населения, многочисленными поборами, что вызывало возмущение и приводило к народным восстаниям. Так, в 1898 г. неподалеку от Оша вспыхнуло восстание под руководством Мадали, ишана из МинТюбе. Повстанцы, вооруженные палками, ножами, самодельными копьями и кетменями, напали на царский гарнизон в Андижане, но были разгромлены. Участников восстания жестоко наказали, а их предводителя повесили.
Наиболее значительным актом протеста местного населения колониальному режиму явилось мощное восстание народов Средней Азии в 1916 г. Прямым поводом к восстанию послужил царский указ о мобилизации мужчин из местного населения на военно-тыловые работы. Однако истинной причиной восстания явилось усиление национально-колониального гнета коренного населения, введение особого военного налога и изъятие т. н. «излишков» земель в колонизационный фонд для казны и переселенцев из центральных районов России.
Народно-освободительное по своему характеру восстание 1916 г. сопровождалось, однако, и рядом кровавых межнациональных столкновений. Повстанцы нередко видели своих угнетателей в лице переселенцев, не особенно разбираясь в их социальной дифференциации и зачастую отождествляя их с колониальными угнетателями.
В ходе подавления и после разгрома восстания жестокие репрессии обрушились на кыргызское и другое мусульманское население. Переселенцы, провоцируемые царскими властями, при их попустительстве и даже содействии жестоко расправлялись с коренными жителями. По подсчетам туркестанских чиновников, коренное население Северного Кыргызстана после восстания 1916 г. уменьшилось на 42 %; почти 150 тыс. человек было убито, пропало без вести, бежало в Китай[29].
После октябрьской революции 1917 г., окончания гражданской войны и в ходе национального размежевания Средней Азии в 1924 г. кыргызы и их исконные территории впервые в основном воссоединились в рамках самостоятельной государственности, хотя с ограниченной автономией – была создана Кара-Киргизская автономная область в составе РСФСР. В конце мая 1925 г. Кара-Киргизская автономная область была переименована в Киргизскую автономную область, в 1925–1926 гг. она была преобразована в автономную республику, а в 1936–1937 гг – в Киргизскую ССР. Так, благодаря новым политическим реалиям, кыргызский народ смог восстановить собственную государственность, хотя во многом она была формальной, весьма урезанной, носила откровенно декларативный характер. Кыргызская государственность в составе РСФСР, а затем СССР длилась почти 70 лет.