А вот как описывает очевидец отъезд о. Иоанна из Вильнюса: «На вокзале находились представители всех ведомств и управлений: вся интеллигентная Вильна и люди всех вероисповеданий и положений. Что происходило здесь все это время до ухода поезда, трудно передать: поезд стоял буквально погруженный в море людей. Кому не оказалось места на платформе, те унизывали вагоны поезда, наполняя их площадки и ступени. Вагон же отца Иоанна оказалось необходимым запереть. По требованию народа, усталый, но самоотверженный и смиренный пастырь много раз показывался в окно вагона, благословлял народ, утешал и благодарил всех. Тронутый сильной верой людей и глубокой их приверженностью к Богу, служитель Божий несколько раз закрывал окно и, сложив крестообразно руки, склонив голову, предавался глубокой слезной молитве за эти тысячи людей, за их доверие к Божию служителю и за их братскую христианскую любовь… Потом благословлял и снова благодарил всех… Когда поезд тронулся, тысячи почитателей отца Иоанна обнажили головы, слезно прощались и посылали вслед удалявшемуся пастырю Христову свои неудержимые теплые благожелания, просьбы и благодарности. Многие бежали за поездом, доколе представлялась возможность…»
Был о. Иоанн и замечательным проповедником, причем говорил он весьма просто и чаще всего без особой подготовки. Он не искал красивых слов и оригинальных выражений, но проповеди его отличались необыкновенной силой и глубиной мысли, а вместе с тем и исключительной богословской ученостью, при всей своей доступности для понимания даже простыми людьми. В каждом его слове чувствовалась какая-то особенная сила – как бы отражение силы его собственного духа.
Несмотря на необыкновенную занятость, о. Иоанн находил, однако, время вести дневник, записывая ежедневно свои мысли, приходившие ему в минуты «благодатного озарения души, которого удостаивался он от всепросвещающего Духа Божия». Эти мысли составили целую замечательную книгу, изданную под заглавием: «Моя жизнь во Христе». Она представляет собой подлинное духовное сокровище и может быть поставлена наравне с вдохновенными писаниями древних великих отцов Церкви. Эта книга, вместе с другими творениями о. Иоанна, свидетельствует о том, как жил наш великий праведник и как подобает жить каждому, кто хочет не только называться, но и в действительности быть христианином.