Особняки есть и в других поселениях острова. Например, в Мессарье обязательно стоит посетить Дом Аргироса, построенный главой семьи виноделов Георгиосом Аргиросом в конце XIX века.

В XIII веке Санторини оказался во владении венецианцев. В течение нескольких веков до этого островитянам не давали покоя пираты. Из прибрежных районов санторинцы старались перебраться вглубь острова, но это их не спасало от пиратских нападений и грабежей. При венецианцах Санторини не раз оказывался предметом спора между новыми хозяевами, византийцами, генуэзцами, турками и продолжающими посягательства пиратами. Для защиты от врагов при венецианцах на Санторини построили пять крепостей – «кастро». Внутри крепостей возводили «гулас» – прямоугольные сторожевые башни высотой в несколько этажей. Башни использовались и как оборонительные сооружения, и как обсерватории, и как склады для хранения урожая. Вокруг крепостей, как их продолжение, образовались «кастелли» – укрепленные жилые кварталы с извилистыми улицами, напоминающими лабиринты, и примыкающими друг к другу жилищами. Ряды домов и улиц в кастелли спускались с холмов несколькими замкнутыми кругами, соединенными между собой узкими лестницами. Входов в поселение было немного, и, в случае опасности, их можно было блокировать. Такое устройство позволяло санторинцам отбивать нападения врагов.
В XIII веке на скале Скарос, неподалеку от современного Имеровигли, построили крепость Эпано Кастро («верхний замок»). Позже появились крепости в Ие, Пиргосе, Эмпорио и Акротири. На данный момент почти ничего не осталось от крепостей в Имеровигли и Ие. Серьезно пострадали от землетрясений, но все же существуют крепости в Пиргосе, Эмпорио и Акротири. Пиргос и Эмпорио стоит посетить, чтобы прогуляться по кастелли.