В результате, однако, Бенеш набрал в парламенте подавляющее большинство голосов – за него голосовали практически все чешские партии, включая коммунистов, и Глинкова словацкая народная партия; против выступили представители партии Генлейна и чешские крайне правые.
В сентябре 1938 г. Бенеш, в поиске выхода из напряженной ситуации в Судетах, грозившей перерасти в международный кризис, предложил правительствам в Париже и Лондоне свой «секретный план», предусматривающий передачу Германии части Судет и параллельным выселением в Германию ещё одного миллиона судетских немцев из Чехословакии.
Этот план был сообщен как посланникам Франции и Великобритании в Праге, так и французскому кабинету через личного представителя Бенеша – министра социальной опеки Яромира Нечаса.
После принятия на Мюнхенской конференции 30 сентября 1938 г. решения о передаче Судет Германии, Бенеш одобрил (с протестом) этот шаг.
5 октября Бенеш ушёл в отставку. Покинул страну, жил в Лондоне, затем в Соединённых Штатах как частное лицо.
Выразил протест руководителям демократических государств после оккупации чешских земель Германией в марте 1939 года.
Во главе зарубежного Сопротивления
После начала Второй мировой войны Бенеш вернулся к активной политической деятельности.
Его целью стало аннулирование Мюнхенского соглашения, восстановление независимости Чехословакии и её «версальских» границ. Бенеш и его соратники опирались на концепцию продолжения существования Чехословацкого государства, в соответствии с которой все изменения, происходившие после 29 сентября 1938 года, включая образование на месте Чехословакии Протектората Богемия и Моравия и Словацкого государства, не имели юридической силы.
В 1940 году Бенеш создал в Лондоне правительство Чехословакии в изгнании и возглавил его в ранге президента.
К 1942 году ему удалось добиться признания существования Чехословакии и аннулирования Мюнхенского соглашения всеми державами антигитлеровской коалиции, в том числе СССР.
Будучи руководителем зарубежного чехословацкого Сопротивления, Бенеш координировал действия чехословацких подразделений, сражавшихся на фронтах в составе союзных армий, а также поддерживал связь с внутренним Сопротивлением в чешских землях.
В декабре 1943 года Бенеш в Москве подписал договор о дружбе и союзных отношениях с Советским Союзом, который предзнаменовал новую внешнеполитическую ориентацию Чехословакии. Союз с СССР стал краеугольным камнем политики страны.