Когда руководивший в те дни всей властью в Кремле при раненом Ленине Свердлов уже 31 августа после первого же допроса Каплан потребовал у Петерса завершать расследование, чтобы дать официальное заявление ВЦИК о том, что стреляли правые эсеры из партии Чернова (повод для «красного террора»), Яков Петерс категорически воспротивился. Судя по дневниковым записям самого Петерса, дошедшим до историков после их изъятия при аресте в 1938 году, зампред ВЧК дал второму после Ленина человеку в Советской стране настоящий революционный отлуп с точки зрения законности: «Никаких ее связей с партией пока не выявлено, что она правая эсерка – говорит пока лишь она сама. А таких дилетантов, как мы, самих надо сажать!» Если верить запискам Петерса, опубликованным позднее в «Известиях», Свердлов на это раздраженно отвечал: «Ну так посадите самих себя, а эту даму выпустите!» – и поначалу уехал с Лубянки ни с чем. У себя в кремлевском кабинете в присутствии подчиненных из ВЦИК Свердлов в сердцах прошелся по ВЧК и лично по Петерсу, обвиняя их в чистоплюйстве и дилетантстве. К неудовольствию сторонников версии о провокации самой ЧК в истории с покушением на Ленина, похоже, что именно руководство ЧК собиралось продолжать детальное расследование и даже поначалу могло оспаривать мнение первых лиц советской власти. Петерс ждал возвращения из Петрограда своего начальника и кумира Дзержинского, уверенный, что будет поддержан Железным Феликсом в своей позиции не допускать преждевременной расправы с Каплан.
При этом никаким гуманизмом действия Петерса в те дни не пахли, он лишь требовал соблюдения советской же законности и детального расследования, а оппонентам постоянно заявлял, что лично-то он Каплан ненавидит и что сам готов ее расстрелять. Вряд ли тут уместно говорить о какой-то попытке Петерса помочь Каплан как старой революционерке-каторжанке, как считают некоторые историки, или уж тем более – из личной симпатии к ней как к женщине, как полагают самые романтичные из них. Петерс таким мотивам явно был чужд.
1 сентября 1918 года, отказываясь форсировать следствие, уже приехавшему на Лубянку члену большевистского ЦК Луначарскому Петерс повторил: «Пока никакой связи Каплан с правыми эсерами, кроме ее дружбы со Спиридоновой на акатуйской каторге при царе». Луначарский даже упрекнул чекиста-законника: «Вам, может быть, жаль ее?», а Петерс в ответ сразу завелся от такого упрека в мягкотелости: «Да мне она омерзительна, шла убивать Ленина, а в голове у нее мыло». Вырванную из контекста их разговора эту фразу можно понять как то, что Каплан пошла стрелять в вождя, не домыв как следует голову, что так оскорбило заместителя главы ВЧК. На самом же деле взрыв эмоций Петерса, ударившего при этом картинно кулаком в стол, вызвало совсем другое мыло: в промежутках между рассказами о деле 30 августа Каплан изливала ему свою душу, в том числе и важными для нее воспоминаниями о бесценном куске мыла, которое ей в тяжелый день дала соратница по каторге эсерка Спиридонова, чтобы она смогла помыться перед встречей с любимым террористом из рядов анархистов Виктором Гарским. По мнению Якова Петерса, переплетение великого злодейства в виде выстрелов в Ленина с мелодраматичными рассказами о каком-то куске мыла из далекого прошлого было оскорбительным для ЧК, хотя для самой партии эсеров такой тип мышления с переплетением террора с романтикой любви очень характерен. А затем Петерс так же упрямо повторял: «Мы ее расколем, не таких раскалывали! Но пока никаких улик против эсеров. Не забудьте, у нее за плечами одиннадцать лет каторги, а это огромный опыт!»