Идеализировать Петерса не стоит даже после этой истории, именно этот яростный «законник» в деле Каплан уже несколько месяцев спустя выступит на коллегии ВЧК со страшной инициативой брать в заложники членов семей офицеров-военспецов в Красной армии, расстреливая их в случае перехода самих военспецов к белым. И он же внесет в ЧК жуткое предложение «брать по телефону»: будучи направлен в 1919 году для зачистки Петрограда при наступлении на город белой армии Юденича, Петерс по-простому предложил арестовать всех находившихся в телефонной книге горожан, поскольку телефон тогда мог быть только у обеспеченных и не последних при царском режиме лиц. А в 1921 году Петерс был направлен Дзержинским руководить от ВЧК подавлением мужицкого восстания Антонова на Тамбовщине, и там он не протестовал против бойни войсками Тухачевского восставших крестьян с помощью химического оружия, а своим чекистам дал команду расстреливать всех захваченных в бою антоновцев мужского пола и старше восемнадцати лет. В том же году при занятии Красной армией Грузии Петерс и там будет возглавлять специальную комиссию ВЧК, вместе с назначенным начальником Тифлисской ЧК Панкратовым возглавляя массовые расстрелы, когда трупы горами валялись на Соборной площади Тифлиса (в 1938 году Панкратова и Петерса расстреляют за «троцкизм»). И везде в годы Гражданской войны проявлявший такое благородство по отношению к Каплан чекист Петерс выглядит уже почти маньяком и садистом. Он на коллегии ВЧК почти маниакально твердит: «За каждое посягательство на власть нужно отвечать так, что прежний «красный террор» перед этим побелеет». Понемногу такие заклинания даже в ВЧК Петерсу создадут славу левого экстремиста, что позднее приведет к потере поста первого заместителя при Дзержинском, а позднее и к выводу за рамки госбезопасности вообще. По свидетельствам очевидцев, во время расстрелов на Дону за стрелявшим лично в обреченных Петерсом бегал его восьмилетний сын и просил: «Папа, дай я стрельну». Знай об этом Конквест, он мог бы поменять свое мнение о личности зампреда ВЧК Петерса. Но против быстрого расстрела Каплан он действительно протестовал яростно и вполне искренне, видимо действительно тянул время и ждал приезда Дзержинского.
Хотя в советские газеты за подписью Свердлова и шла уже информация о том, что Каплан входила в боевую группу партии левых эсеров, в протоколах допросов террористки Петерсом эта связь так четко не прослеживается. Не подтверждалась и выдвинутая чекистами (тоже по намеку с верхов советского олимпа) версия об «английском следе» в покушении на Ленина. Петерс даже водил Каплан в камеру к арестованному послу Локкарту в надежде на невольную очную ставку, но английский дипломат и бывшая анархо-террористка друг друга не узнали и узнать не могли.