И сегодня органы госбезопасности Российской Федерации находятся в этом многовековом святилище тайного сыска России, занимая все тот же заметно разросшийся с годами комплекс зданий бывшего государственного страхового общества на Лубянской площади. Правда, с уже возвращенным ей историческим названием и с мрачно высившимся какое-то время посредине пустым постаментом из-под чугунного родоначальника ВЧК. С 20-х годов в советское общество вошла поговорка о том, что на Лубянке вместо Госстраха поселился «Госужас», под которой затем готовы были подписаться представители многих поколений советских и российских граждан.
Сам Дзержинский разработал основные положения деятельности нового органа политической безопасности сначала Советской России, а затем и СССР, он же был главным разработчиком и внутренней структуры ВЧК. Уже в начале 1918 года внутри ЧК появились отделы борьбы с контрреволюцией, борьбы со шпионажем (политическая контрразведка), политического следствия, борьбы с бандитизмом, борьбы с саботажем и со спекуляцией, охраны границ Советской России.
На ведущие позиции уже тогда выдвинулся Особый отдел, занимавшийся впрямую подавлением политической оппозиции советской власти и организацией «красного террора», как и работой ЧК на фронте, его первым руководителем стал опытный большевик Михаил Кедров с большим стажем подпольной работы. Кроме Кедрова этот особый отдел одно время возглавлял другой член коллегии ВЧК Янушевский, а в конце Гражданской войны здесь утвердился уже Менжинский. Этот отдел временами конкурировал с занимавшимся схожими проблемами отделом по борьбе с контрреволюцией, возглавляемым с 1918 года одним из самых известных чекистов дзержинского призыва, латышским большевиком Мартином Лацисом. Внутри этого отдела создано небольшое отделение по борьбе с иностранными шпионами в Советской России под началом двадцатилетнего чекиста Блюмкина из левых эсеров, который вскоре преподнесет ВЧК свой сюрприз в виде убийства германского посла Мирбаха. А для оперативной работы создается Секретно-оперативный отдел под руководством Николая Скрыпника. За работу на местах губернских и уездных органов ЧК в центральном штабе ВЧК отвечал Иногородний отдел во главе с чекистом Григорием Морозом, перешедшим к большевикам из террористов еврейского союза Бунд.