Получил свою окончательную организацию в 1885 г. и Морской Технический комитет. Его председатель фактически занял пост главного судостроителя русского флота, а сам комитет был разделен на инспекции по специальностям: Кораблестроительную, Механическую, Артиллерийскую, Минную (в ведении которой находилось также и все электрооборудование на кораблях). Некоторое время существовал также Морской Строительный комитет, ведавший проектированием береговых сооружений, но в 1891 г. он был упразднен, а его дела переданы во вновь созданную Главную инспекцию строительной части Морского технического комитета (МТК).
В МТК разрабатывались проекты кораблей, а распределение заказов, закупка материалов, выдача нарядов на работы и другие хозяйственные дела были переданы вновь образованному Главному управлению кораблестроения и снабжения (ГУКИС). Кроме того, ГУКИС заготавливал все предметы материально-технического и интендантского снабжения как для флота – от угля до мундирного сукна, так и для всех портов – от Либавы до Владивостока. Система централизованного снабжения создавалась для прекращения злоупотреблений и бесхозяйственности на местах. В состав ГУКИС входили отделы: Сооружений (ведал строительством кораблей и береговых сооружений), Заготовлений (заготовка любых материалов и припасов) и Счетный (составление сметы и отпуск средств). В портах аналогом ГУКИС стали портовые конторы, а функции МТК исполняли главные техники (в главных портах), старшие техники (в портах первого разряда) или техники (в портах второго разряда). Создание этого органа вызвало в начале 80-х годов XIX в. наибольшие споры. Основными причинами протестов послужили крайняя централизация и отсутствие независимого контроля над действиями ГУКИС, так как проверки Государственного контроля были формальными и не могли гарантировать хозяйственную целесообразность всех его распоряжений. Однако следует помнить, что никакая схема устройства государственных учреждений не может компенсировать неспособность и бездеятельность лиц, стоящих во главе этих учреждений или служащих в них. Быть может, критикам структуры Морского министерства следовало бы задуматься не над вопросом о непригодности его подразделений, а над вопросом о поиске годных начальников и сотрудников этих учреждений?