В 1885 г. создаются Главное гидрографическое управление (ГГУ), Главное военно-морское судное управление (ГВМСУ) и Управление главного медицинского инспектора флота (УГМИФ). Важную роль играла Канцелярия Морского министерства (КММ), в обязанности которой входили, кроме ведения переписки генерал-адмирала и управляющего Морским министерством, также и кодификационные работы, а ее директор по совместительству являлся юрисконсультом морского ведомства.
В литературе зачастую поднимается вопрос о том, почему во время «шестаковских» реформ морское ведомство не обзавелось Морским генеральным штабом, проект организации которого выдвигал, в частности, адмирал И.Ф. Лихачев как раз в «эпоху Шестакова»[61].
Следует иметь в виду, что И. А. Шестаков был готов пригласить И.Ф. Лихачева на должность председателя МТК, но тот соглашался только на пост начальника Морского Генерального штаба, что вызвало неприятие И. А. Шестакова.
Проблема заключалась в том, что ни один флот в мире в 1885 г. не имел генерального штаба. Только германский флот обзавелся им, по образцу германской армии, в 1888 г. Значительно позднее, уже в 1904-1910 гг., крупный реформатор английского флота Д.-А. Фишер резко выступал против идеи создания Морского генерального штаба в Великобритании. Создание такого штаба было чревато разделением функций высшего руководства морским ведомством, когда в руках министра осталось бы только судостроение и снабжение флота, а оперативное руководство им перешло бы в руки начальника генерального штаба. Именно такая схема существовала в Германии и именно ее с огромным упорством отстаивали «младотурки» генерального штаба в России после Русско-японской войны. Такое разделение властей на флоте принесло бы несомненный вред, на что указывал, в частности, немецкий морской статс-секретарь (министр) А. Тирпиц (1849-1930) в своих мемуарах[62]. «Схема Генмора (Морского Генерального штаба. – К.Н.) была скопирована с генерального штаба армии. Не знаю, было ли удачей для армии, что благодаря величию Мольтке Генеральный штаб развивался самостоятельно и после его ухода. Возможно, что вследствие этого генеральный штаб лишился понимания технических вопросов, а военное министерство слишком мало занималось войной. Однако для флота такое выделение Генмора являлось определенно неправильным; это была эпигонская идея, породившая фактически нежизненноспособное учреждение»