И в этом он, как говорится, преуспел как никто другой. Уничтожая культ Атона, Хоремхеб подверг жестокому преследованию всех его сторонников. Бывший военачальник предал проклятию даже имя Эхнатона, сделавшего ему в свое время так много добра. Эхнатона стали называть не иначе как «преступником из Ахетатона», годы его царствования были причислены к годам царствования других царей.
Далее Хоремхеб приказал возобновить служения всем древним богам в их «жилищах»-храмах по всей территории страны. Он приказал заново изваять все их изображения, какие были прежде. Источники донесли до нас письмена с известиями о том, как откровенно радовался солнечный бог Ра, взирая, что возобновилось все, что было разрушено в предыдущее время… Хоремхеб посетил лежавшие в развалинах «города богов» и велел восстановить их в таком виде, какой они имели «от начала всех вещей». Фараон позаботился и об ежедневных празднествах, на которых собирались пожертвования для храмов, и о всей храмовой утвари, сделанной из золота и серебра. Он снабдил храмы святыми людьми (то есть жрецами, большую часть из которых Эхнатон просто разогнал за ненадобностью), и певцами, и лучшей охраной. Он подарил храмам пахотные земли, скот и рабов и снабдил их всем необходимым для проведения служб и собственного подобающего существования вообще.
Стремясь изгладить даже воспоминания о реформах Эхнатона, Хоремхеб безжалостно уничтожил все, что было связано не только с ним и культом Атона, но и со своими непосредственными двумя предшественниками – Тутанхамоном и Эйе. Зачем? Сложно сказать. Видимо, знал новый фараон нечто такое, отчего его ненависть к тем, кто правил непосредственно перед ним, превзошла все остальные мотивы. Он присвоил все их сооружения и статуи, стерев их имена и поставив взамен свое. Более того, он объявил себя непосредственным преемником Аменхотепа III, вообще исключив таким образом Эхнатона, Тутанхамона и Эйе из списка правивших фараонов, а годы их правления причислил к своему царствованию. В связи с этим для всех последующих поколений Хоремхеб стал первым законным царем после Аменхотепа III.
Город Ахетатон – столица Эхнатона, с его великолепными дворцами, домами и храмами – был по приказанию Хоремхеба разрушен до основания. Святилища Атона снесли. Гробницу Эйе разорили и стерли имена его и его жены. Также поступили и с гробницами приближенных Эйе и Тутанхамона. Почему гробница самого несчастного юноши осталась нетронутой – загадка и по сей день.