С августа 1902 по конец мая 1903 года Лавров выполнял обязанности руководителя русской секретной полиции в Грузии. 4 июня 1903 года приказом № 63 по ОКЖ Лавров был переведен в распоряжение начальника Главного штаба русской армии.
Вместе с ним по межведомственной договоренности из Тифлиса в Петербург прибыли два наблюдательных агента: запасные сверхсрочные унтер-офицеры Александр Зацаринский и Анисим Исаенко. А впоследствии в составе «разведочного» отделения стал работать и старший наблюдательный агент того же охранного отделения губернский секретарь Перешивкин.
Контрразведывательное подразделение Главного Штаба быстро становилось «на ноги». В своем первом отчёте «Об организации и деятельности разведочного отделения за 1903 год» Лавров отмечал:
«постепенным ознакомлением с делом выяснилось, что для установления деятельности военных шпионов одного наружного наблюдения совершенно не достаточно… является необходимой в помощь наружному наблюдению хорошая внутренняя агентура… Наружные агенты работают на улице, а внутренние – на квартирах, в разных правительственных учреждениях, в гостиницах, ресторанах и проч[ее]. В объем деятельности внутренних агентов входит и наблюдение за корреспонденцией…»
Состав отделения во главе с Лавровым был небольшим:
– старший наблюдательный агент Перешивкин и наружные наблюдательные агенты – Александр Зацаринский, Анисим Исаенко, Михаил Воронов, Александр Харитонов, Александр Зайцев и Николай Трофимов; агент-посыльный Матвей Буканов;
– для собирания справок и сведений и для установок (выяснение фамилий и лиц, взятых под наблюдение) – Михаил Петров и «Вернов» (последний назван по псевдониму); внутренние агенты «Ефимов», «Жданов», «Болотов», «Ивин», «Королев», «Осипов», «Сидоров», «Анфисов» и «Ларионов» (все названы по псевдонимам); почтальоны – «Соболев» и «Авдеев» (псевдонимы)».
В Петербурге наряду с «разведочным отделением» Лаврова по японской линии стала действовать и агентура столичного охранного отделения. В конце весны 1904 года, по примеру военных руководство ДП приняло решение об учреждении в структуре Особого Отдела ДП собственного специального контрразведывательного подразделения -«Совершенно секретного отделения дипломатической агентуры».
Его задачами были «розыск международного шпионства» и постановка «наблюдения за пребывающими в столице представителями некоторых держав, сочувствующих Японии». Идея получила поддержку Шефа жандармов – Министра внутренних дел В.К. Плеве.