С 1903 по 1910 годы Лавров в звании полковника возглавлял разведочное (контрразведывательное) отделение Главного управления Генштаба. Под его руководством отделение добилось значительных результатов в борьбе с военным шпионажем против Российской империи. Венцом работы Лаврова на посту начальника разведочного отделения стало разоблачение шпионской деятельности агента австро-венгерской разведки барона Унгерн-Штернберга.
В октябре 1902 года заведующим Особого отдела ДП был назначен Сергей Васильевич Зубатов. В составе отдела он создал два «стола»: один – для руководства деятельностью охранных отделений, другой – для руководства службой НН. Первый возглавил Л.П. Меньщиков, а второй – Е.П. Медников. В результате реформы в руках С.В. Зубатова сосредоточились все нити политического сыска в России.
Зубатов разработал проект организации в главных городах России специальных оперативно-розыскных органов секретной полиции, так называемых «розыскных отделений». В последующем их переименовали в «охранные отделения», на манер существовавших еще с 1880-х годов в Петербурге, Москве и Варшаве «отделений по охранению порядка и общественной безопасности».
Наибольшее количество филёров наблюдается в столицах и городах с рабочим населением и студенчеством. Например, до учреждения в городе Саратове охранного отделения в 1903 году исполнение филёрских обязанностей в ГЖУ возлагалось на 8-10 унтер-офицеров. С появлением Саратовского охранного отделения в него было командировано 7 унтер-офицеров, но к 26 февраля 1903 года трое из них оказались уволены со службы и столько же уволены с 1 марта 1903 года.
14 декабря 1906 года Столыпин утверждает специальное «Положение о Районных охранных отделениях» (далее – РОО). Положением на РОО возлагалась задача объединения всех функционирующих в пределах района (охватывающего несколько губерний) органов политического розыска. В циркуляре № 207 от 8 января 1907 года за подписью Столыпина о создании РОО говорилось:
«В видах усиления деятельности органов власти, ведающих розыском по делам о государственных преступлениях, мною признано необходимым существенно изменить постановку политического расследования и создать в Империи несколько центральных розыскных учреждений, предоставив им сосредоточение в своих руках данных агентурного и наружного наблюдения по крупным административным районам, и руководство работой местных учреждений, причем объединяющим и направляющим центром явится, по-прежнему, Департамент полиции».