Но надежды царицы-матери на то, что сын после женитьбы изменит образ своей жизни, не оправдались. Едва прошел медовый месяц, как Петр оставил молодую жену и с иностранными корабельными мастерами поскакал в Переяславль строить суда. В целом семейные отношения Петра и Евдокии, несмотря на рождение двух сыновей Алексея (1690 г.) и Александра (1691 г.; мальчик умер в семь месяцев), не сложились. Причин такого положения можно найти много. Но главной из них нам представляется то, что царица Евдокия, воспитанная в старых традициях, не понимала и не поддерживала мужа в его преобразованиях. Их семейная жизнь закончилась в 1696 году, когда Петр, перед отъездом за границу, отправил Евдокию в монастырь.
Обострение отношений между Софьей и Петром назревало давно. Подрастающий царь, занятый «потешными» играми и учением, с явным неудовольствием и плохо скрываемым раздражением смотрел на действия старшей сестры-правительницы. Его негативное отношение к сестре поддерживали мать и сторонники Нарышкиных. Удивительно, но одним из ярых противников Софьи являлся двоюродный брат ее фаворита Борис Алексеевич Голицын. Софья, со своей стороны, стараясь не допустить Петра к власти, стремилась сама заполучить царскую корону. В этом ее поддерживали начальник Посольского приказа В. В. Голицын и начальник Стрелецкого приказа Ф. Л. Шакловитый, человек крутой, решительный и ловкий, державший стрельцов в полном повиновении. Именно на него и надеялась Софья в получении долгожданной короны. Согласно плану Шакловитого, стрельцы подают челобитные, в которых просят Софью не оставлять правление и венчаться царским венцом на царство. В загородную резиденцию Шакловитый вызывает стрелецких начальников и предлагает им подписать уже заготовленную челобитную. Однако стрелецкие командиры, ссылаясь на свою безграмотность, отказываются это сделать и расходятся по домам. Но некоторые из рядовых стрельцов были не прочь подписать челобитную и даже применить более решительные меры. Так, один из стрельцов предложил бросить в Петра гранату или подложить ее в сани государя, другой – напасть на него с ножом во время тушения пожара (царь любил участвовать в тушении пожаров, которые часто вспыхивали в столице). Сторонники Софьи, чтобы восстановить стрельцов против Петра, прибегали к различным инсинуациям. Рассказывали, что по ночам подьячий Матвей Шошин, сторонник Софьи, наряженный под Л. К. Нарышкина в белый атласный кафтан, подъезжал к стрельцам, стоявшим на карауле, бил их без пощады и приговаривал, «вспоминая» погибших в 1682 году «родичей»: