В это время один из заговорщиков унимал Шошина, говоря:
«Лев Кириллович! За что бить до смерти! Душа христианская!» Эти действия сторонников Софьи стали известны их противникам, которые повели более решительное наступление на трон. В марте 1689 года Петр имел серьезный разговор с фаворитом Софьи В. В. Голицыным и потребовал нового оружия для «потешных». 8 июня, во время традиционного крестного хода со святой иконой, Софья пошла вместе с царями – Иваном и Петром. Петр потребовал, чтобы она оставила их (по обычаю тех времен женщина не должна была принимать участия в этом действе). Софья отказалась, и разгневанный Петр ускакал в Коломенское.
Вскоре вернулся из второго крымского похода В. В. Голицын. Манифест о наградах его участникам должны были утвердить цари, но Петр это сделал только после длительных уговоров. Когда же Василий Голицын пришел к царю, чтобы поблагодарить его за награды, то Петр не принял боярина. «Самодержица всея Руси» (или «благоверная царевна и великая княжна») – так приказала именовать себя Софья – пришла в ярость. Приближалась решающая схватка.
7 августа 1689 года в Москве пронесся слух, что «потешное» войско ночью придет из Преображенского, чтобы убить царя Ивана и царевен. По приказу Софьи закрыли все кремлевские ворота. В Кремле и на Лубянке расположилось более тысячи стрельцов. Активно агитировал стрельцов в поддержку Софьи начальник Стрелецкого приказа Федор Леонтьевич Шакловитый.
Переполохом в столице воспользовались сторонники Петра. Двое стрельцов поскакали в Преображенское. Они сообщили царю о якобы готовящемся против него походе. Поднятый с постели, плохо соображая со сна, что же происходит, испуганный до крайности, царь в одном белье бежал к ближайшему лесу, затем ускакал в Троицкий монастырь. Там Петр упал на постель и, весь в слезах, поведал архимандриту о страшной опасности, нависшей над ним. Царь просил укрыть его и защитить. (Позже кое-кто из современников, а затем и исследователей высказали мысль о том, что этот спектакль разыгран был по сценарию самого Петра. Возможно, это и правда, но испуг, дрожание и слезы юноши выглядели очень естественно.)
8 августа в монастырь явились молодая жена Петра, мать и сестра Наталья, потешные полки, стрельцы Сухарева полка и несколько преданных ему бояр.