«Рассуждения о методе» произвели сильное впечатление в научных кругах. Однако многие моменты учения Декарта подверглись резкой критике со стороны ученых и философов самых различных направлений. Обсуждение этого труда послужило важным стимулом для решения актуальных проблем науки того времени.
Декарт реагировал на замечания весьма резко, поэтому споры принимали иногда бурный, даже враждебный характер. Мерсенну, который был посредником между участниками дискуссии, приходилось улаживать дело, когда оно принимало чересчур серьезный оборот. Больше всего споров вызывало философское учение Декарта, и он начал работать над новым сочинением, в котором изложил свои взгляды более подробно. В 1640 году этот труд был закончен. Декарт отправил рукопись Мерсенну, который ознакомил с ней других ученых.
Последовали многочисленные отклики, большей частью отрицательные. Декарт не встретил поддержки ни у теологов, ни у тех, кто, как и он, боролся против схоластики. Первые обвиняли философа в склонности к атеизму, вторые выступали против идеалистического начала в его учении.
Книга вышла в 1641 году под названием «Размышления о первой философии, в которых доказывается существование Бога и души». Он включил в нее замечания критиков и свои ответы на эти замечания. Дискуссия заставила Декарта взяться за написание нового труда, в котором его учение излагалось бы полностью.
В то время когда Декарт работал над «Рассуждением о методе» и «Размышлениями о первой философии», в его личной жизни произошли важные перемены. Известно, что спустя пять-шесть лет после переселения в Голландию в его жизнь вошла женщина по имени Елена. Сведений о ней почти не сохранилось, неизвестны даже ее фамилия и возраст. Уроженка Девентера, она находилась в услужении у одного из амстердамских знакомых Декарта. Ее социальное положение было, следовательно, намного ниже положения Декарта. По вероисповеданию она была протестанткой. Этим, вероятнее всего, и объясняется факт, что их близкие отношения, длившиеся около шести лет, так и не были узаконены. Декарт, видимо, старался держать их в тайне. Известно, однако, что Елена владела грамотой, так как некоторое время переписывалась с Декартом.
19 июля 1635 года у Елены родилась дочь Франсина. Некоторые биографы считают, что в имени, которое отец дал ребенку, отразилась его тоска по родине.