Работа в участковой больнице была многосторонней. Кроме хирургии Борис Михайлович вел и терапевтических больных, принимал роды, вел детский прием, работал «ушником», «глазником», как его иногда называли деревенские жители. Жена вела свой фельдшерский прием. Кроме них в больнице работали еще два фельдшера, две санитарки, сестра-хозяйка и вечно пьяный водитель единственного медицинского уазика, прикрепленного к больничке.
Поликлинический прием Боря вел с девяти часов утра и до тех пор, пока не кончался поток больных. Принимал всех подряд, вначале ему было это интересно, даже делал небольшие амбулаторные операции, но до полостной хирургии не хватало ни средств, ни кадров. До него работал главным врачом врач-терапевт, но тот не долго руководил участковой больницей, имел пагубную страсть к спиртному и вскоре был переведен под присмотр в районную больницу. Кадрами в деревнях тогда не разбрасывались. Пускай и выпивоха, но работает и занимает ставку.
На удивление или может так сложились цифры годового отчета, но в первый же год участковая больница под руководством Бори вдруг резко пошла в гору. У нее вдруг улучшились показатели по всем основным медицинским направлениям. В облздраве этот рывок никак не хотели комментировать, но взяли на заметку молодого врача. На следующий год участковая больница стала снова одной из лучших в области. Прекратились жалобы от больных, уменьшились показатели по детской смертности и улучшились цифры по родовспоможению. Еще до приезда Бори в деревню, руководство совхоза построило семье главного врача дом на земле и стал он одним из самых уважаемых интеллигентов в деревне. Вся деревня знала в лицо своего нового врача и относилась с уважением к нему.
Вскоре к нему прислали в больницу еще одного хирурга и Борис Михайлович при поддержке руководства совхоза, и частично облздравотдела расширил свою больницу, построил еще один корпус, где расположил операционную и небольшой стационар для хирургических больных. С этой небольшой стройки и стала формироваться основная деятельность Трепункина. Он понял, что любое строительство, ремонт и реконструкция помещений это золотое дно, из которого можно черпать деньги постоянно, даже работая в участковой больницы. Позже, занимая должность главного врача, он сразу же начинал строить и перестраивать вверенные ему в подчинение медицинские учреждения. От строительства пристройки хирургического отделения он получил от прораба совхоза несколько машин песка для личного пользования, кирпичей, цемента, хватившего для постройки во дворе своего дома кирпичного гаража совершенно бесплатно. Надо было еще отдельно построить баньку, но строительство завершилось и резервы неоткуда было черпать.