Разные источники указывают на существование в древности на месте нынешнего монастыря небольшой обители во имя Преображения Господня. В одной из рукописей Зографа упоминается и имя тогдашнего игумена – Гавриила. Из сохранившейся купчей грамоты можно сделать вывод, что монастырь существовал уже в 988 году, но был разрушен. Настоящий монастырь основан в начале XII века византийским императором Алексием I Комниным. Впоследствии он также пришёл в запустение или был разорён пиратскими набегами.
В 1279-м или в начале лета 1280 года в получасе ходьбы от центра Афона – Карей преподобным иноком Дионисием Каллистосом по прозванию Кутлумушец, пришедшего от двора Кутлумуша – правителя одного из родов Малоазиатских Сельджуков, построен новый монастырь. Его ещё называют обитель Преображения Спасителя – по названию главного храма монастыря. Он освящён в честь Преображения Господня, престольный праздник 6/19 августа.
Монастырь построен посредине северо-восточного склона утопающей в зелени Святой Горы. Подобно Зографу и Хиландару, он находится в отдалении от берега, во внутренней части полуострова. С южной и западной стороны он окружён горами и лесом, с восточной и северной стороны – прекрасной долиной с садами и виноградниками. Кутлумуш обладает лучшей пристанью на Афоне, называемой Камегра и находящейся в получасе ходьбы к востоку от пристани Иверского монастыря. В Камегре пристают корабли, идущие на Афон.
Этимология названия монастыря неизвестна. Есть разные версии. Это слово можно перевести как «святой из Эфиопии». Большинство исследователей предполагают, что он восстановлен в XIII веке Кутлумусом (Константином) I – так звали арабского или турецкого правителя, который родился в фессалийском селе Кутлумуш, был обращён в Православие и перешедшего впоследствии на сторону Византии. По другой версии Кутлумуш – это испорченное турецкое слово кур-тур-муш (освобождённый от врагов). Название дано по поводу якобы сокрытия его туманом от разрушителей, искавших обитель с враждебными мыслями.
Ключевую роль в становлении обители сыграл император Алексей I Комнин (1081-1117). К XII веку монастырь начал испытывать экономические трудности, которые не оставляли его на протяжении всей дальнейшей истории. Как и другие монастыри Святой Горы, много бедствий обитель претерпела в период правления латинствующего императора Михаила Палеолога: были разрушены часть монастырских построек, а многие иноки приняли мученическую кончину Согласно монастырскому преданию, они были похоронены за главным собором обители.