Е.В. Богдановичу принадлежала идея строительства целого ряда железных дорог. Так, при его содействии была сооружена казенная Екатерининская железная дорога, соединившая Криворожское месторождение железных руд с Донецком. При этом Е.В. Богданович организовал строительство моста через Днепр в Екатеринославе. В 1866 году он выступил с инициативой постройки железной дороги от Перми до Тюмени, «могущей впоследствии быть проложенною до китайской границы и получить важное стратегическое и международное коммерческое значение». Фактически Е.В. Богданович явился зачинателем создания будущего Транссиба. Любопытная деталь – жители городов, через которые прошла железная дорога, непременно избирали Е.В. Богдановича своим почетным гражданином. Кроме этого, его имя было увековечено в названии одной из узловых станций под Екатеринбургом – «Богданович».
Являясь чиновником Министерства внутренних дел, Е.В. Богданович на протяжении ряда лет занимался изучением революционных организаций в России. При этом зачастую он действовал по собственной инициативе. Так, бывая по поручениям в командировках, Е.В. Богданович, по его словам, смог изучить «многое в общественной и частной жизни населения». Когда в 1874 году он объехал ряд губерний по вопросу об устройстве речной полиции, то по возвращении представил министру внутренних дел генерал-адъютанту А.Е. Тимашеву особую записку о признаках политического брожения. Обстоятельнейший доклад «О настроении умов в некоторых слоях населения» он представил в 1880 году в Верховную распорядительную комиссию. Записка аналогичного содержания «О положении рабочих и других слоев населения, об их политическом настроении и о мерах борьбы с этим» была составлена Е.В. Богдановичем для обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева. Среди конкретных мер, которые предлагал Богданович для профилактики увлечения рабочих и крестьян революционными учениями, значилось выделение средств для развития в деревне кустарных промыслов, расширения «полезных отраслей промышленности» и открытия общественных работ.
Однако в своей деятельности Е.В. Богданович не всегда был успешен. Так, в 1887 году он впал в немилость императора Александра III и был уволен со службы. Сам Е.В. Богданович объяснял свою отставку «интригами из Берлина» и неприятием его деятельности среди ряда чиновников Министерства иностранных дел. Возможно, на его отставке сказался тот факт, что Е.В. Богданович по своим политическим предпочтениям был ярко выраженным франкофилом и германофобом. Недругов у Е.В. Богдановича всегда хватало.