Однако отставка длилась недолго, и уже в 1888 году Е.В. Богданович был возвращен на службу, произведен в тайные советники и назначен членом совета министра внутренних дел. В последние шесть лет правления он пребывал в несомненном фаворе у Александра III, который регулярно награждал его орденами и ежегодно отмечал высочайшей благодарностью публицистическую деятельность Е.В. Богдановича.
Свою государственную службу Е.В. Богданович закончил в чине генерала от инфантерии, кавалером орденов Святой Анны 2-й степени, Святого Александра Невского, Белого орла и многих других, почетным гражданином многих губернских городов, являлся почетным членом лейб-гвардии стрелкового Императорской Фамилии полка.
Однако наиболее широкую известность Е.В. Богданович получил не за свои служебные успехи, а за свою общественную и журналистскую деятельность. Перу Е.В. Богдановича принадлежат книги: «Наварин». «Синоп», «Гвардия Русского Царя на Софийской дороге», «Стрелки Императорской Фамилии», «Россия на Дальнем Востоке», сборник проповедей «Кафедра Исаакиевского собора» и т. д. Бесплатные брошюры Е.В. Богдановича «для войск и народа» и статьи, посвященные различным памятным датам, историческим событиям, расходились по всей стране. Особые экземпляры выделялись для императора, министров, других высокопоставленных деятелей. Кроме того, он наладил издание художественных буклетов на религиозные и исторические сюжеты для распространения в простом народе. Брошюры Е.В. Богдановича выступали в качестве противовеса революционной пропаганде. За несколько лет вышли «десятки миллионов книжек, картин и листов для бесплатной раздачи по поводу важнейших событий». Так, в сентябре 1902 года, в ответ на распространение прокламаций на Николаевской железной дороге, 15 000 экземпляров брошюр генерала были розданы железнодорожникам. Энтузиазм генерала в деле налаживания издания брошюр и картин поражает и сегодня. К примеру, летом 1911 года, будучи практически слепым, Е.В. Богданович совершил поездку в Киев, где организовал заготовку огромного количества литературы для раздачи народу во время пребывания императора на торжествах в Киеве.
Патриотическая подвижническая деятельность Е.В. Богдановича подвергалась ожесточенной критике со стороны либеральной интеллигенции. К примеру, известный юрист-либерал А.Ф. Кони писал о Богдановиче так: «Это был знаменитый полковник Богданович… издатель елейно-холопских брошюр, которыми впоследствии, вымогая себе субсидии от правительства, он усердно и широко отравлял самосознание русского народа».