Хотя Локк в 1658 году стал магистром философии, он не оставлял занятий медициной и в 1675 году получил второй диплом, медицинский. Готовя диссертацию по этой науке, он общался с ведущими учеными своего времени, такими как Роберт Бойль и Роберт Гук. Благодаря им Локк понял, что мир – это не совокупность готовых вещей, есть еще и микромир, в который мы можем проникнуть лишь с помощью приборов, есть сложные физические взаимодействия, химические реакции, множество факторов, влияющих на состояние материи. Нельзя объяснять явления небольшим числом принципов, на самом деле механика природы сложнее и требует пытливости, а не только знаний. Он начал разочаровываться в Декарте: великий француз объяснял работу человеческого организма отчасти по образцу механизма, но успехи химии и физики не позволяли считать глаз или желудок механизмом, пусть даже сложным. Спор с Декартом – такая же магистральная мысль Локка, как и его дискуссия с устаревшей университетской схоластикой – он никак не мог согласиться с мыслью Декарта о собственном содержании нашего ума. Ведь наш ум – это тоже явление, тоже событие природы, и его опыт – продолжение той жизни, которой живет мир. Если мы допускаем особое содержание разума, то мы просто умножаем сущности, прибавляя к поведению вещей еще и неизбежное поведение наших мыслей.
В 1666 году, как раз в тот год, когда Ньютон, уехавший из Кембриджа из страха перед чумой, увидел падающее яблоко и написал свой первый трактат по физике, Локк познакомился с лордом Энтони Эшли Купером, 1-ым графом Шефтсбери. Больше знаменит его внук, 3-ий граф Шефтсбери, основоположник современной эстетики, переосмысливший такие понятия искусства, как «гений», «вкус» и «возвышенное». Но дед был не менее известным человеком – видный политик, выдающийся экономист своего времени, глава казначейства. В Оксфорд граф приехал в надежде вылечиться от хронического заболевания, и врачи ему помогли. А также рекомендовали Локка как энергичного и трудолюбивого, который сможет все время консультировать графа и следить за его здоровьем.
Локк переехал в лондонский дом графа, где жил безбедно, имел возможность общаться как с высшим светом, так и с близкими ко двору учеными. Он поступил в ученики к Томасу Сиденхему, одному из основоположников неврологии и диетологии, описавшему пляску святого Витта и научившемуся лечить подагру. Правда, этот «отец английской медицины», будучи суровым пуританином, не любил новые изобретения, отвергал микроскоп, считая, что важнее ощупывать организм, чем рассматривать микроорганизмы. Но при этом Сиденхем повлиял на философию Локка, в частности, в понимании воздействий на организм как оставляющих одновременно следы и впечатления.