Несмотря на возрождение империи, для Рима мало что изменилось. Столицей нового государства Вечный город не стал, продолжались и набеги врагов. Новая опасность угрожала с юга. Воинственные арабы (их еще называли сарацинами) обрушились на южные районы Италии еще в начале IX столетия, а в 846 году им удалось захватить Рим. Только войска князя Гвидо Сполетского, пришедшего на помощь папе, спасли Вечный город. Именно после захвата города сарацинами Святой престол был вынужден всерьез озаботиться улучшением обороноспособности как всего Рима, так и Ватикана. При папе Льве IV в 848–852 годах вокруг Ватикана была построена мощная крепостная стена и укрепления.
С середины X столетия в истории Рима началась новая эпоха – период владычества германских императоров, продолжавшийся триста лет. Событий за это время было столько, что на подробное их описание понадобится не одна сотня страниц. Правители Рима – римские папы – менялись с калейдоскопической быстротой, с 850-го по 1050 год средняя продолжительность понтификата составляла около 4 лет. Германские императоры то ссорились с папами, то возрождали дружественные с ними отношения. В середине XII столетия была даже возрождена Римская республика – горожане, уставшие от беспрестанных войн, учредили республику и лишили папу Иннокентия II светской власти, передав ее возрожденному сенату. Ни Иннокентию II, ни сменившему его Луцию II не удалось справиться с римлянами. В 1153 году папа Евгений II заключил очередной договор с германским королем Фридрихом Барбароссой, а его преемник Адриан II в своем стремлении совладать с республикой пошел еще дальше – отлучил Вечный город от церкви. Эта мера, на первый взгляд, чисто «воспитательного» характера, имела серьезные последствия – в Рим перестали стекаться паломники со всего света, что нанесло катастрофический удар по экономике Вечного города. Результатом стало бегство вдохновителя восставших римлян Арнольда Брешианского (он впоследствии был пойман и казнен как еретик) и падение республики. В Рим вошли солдаты Фридриха Барбароссы, которого папа короновал как нового императора.
Борьба за власть в Риме продолжалась и дальше. Тот же Адриан II вскоре поссорился с Фридрихом, а римляне, не признавшие нового императора, напали на германцев. Нередко граждане Вечного города бунтовались и против папской власти. В 1183 году папа Луций III был вынужден бежать из Рима, его преемники, Урбан III и Григорий VIII, вступить в Рим тоже не решились. Только Клименту III в 1188 году удалось договориться с римлянами, пообещав, что он будет считаться с мнением горожан.