Наследницей православных традиций стала образованная в северо-западной части Малой Азии Никейская империя, она была центром притяжения для греческих городов-государств. К середине XIII века Латинская империя пришла в закономерное состояние экономического упадка. Православное духовенство вело в народе активную проповедь борьбы против поработителей-латинян, и никейский император Михаил VIII Палеолог в 1260 году решил вернуть грекам Константинополь. Он смог захватить Силиврию, но попытка овладеть Галатой оказалась неудачной, греки понесли большие потери и были вынуждены отступить. Михаил вернулся в свою столицу и начал готовить более масштабную операцию. Для начала он заручился поддержкой давних соперников Венеции, генуэзцев. Они сделали ставку на Михаила Палеолога, рассчитывая в случае его воцарения выжить из Константинополя прочно обосновавшихся там венецианских торговцев. Разумеется, мусульмане тоже не остались в стороне, желая ослабить влияние крестоносцев, и вошли в союз с Никейской империей.
Летом 1261 года греческое войско под командованием Алексея Стратигопулоса в союзе с конницей сельджуков подошло к Константинополю. Момент для нападения был выбран удачно, основная часть латинского войска отправилась в захватническую вылазку к городам черноморского побережья. Греки действовали хитростью, 25 июля 1261 года их десант проник в город через водосток, сумел перебить охрану у городских ворот и впустить основные силы. Население города не оказало сопротивления, и император Балдуин поспешно бежал из столицы на венецианском корабле.
Итак, Константинополь снова оказался в руках греков, но это не сулило возрождения «золотого века». Территория империи сократилась в несколько раз. Под властью Палеологов находилась лишь часть Фракии и Македонии, северо-западная часть Малой Азии и несколько островов. Однако город с таким местоположением не мог не быть важным центром торговли.
При Михаиле VIII Палеологе это была жалкая тень былого Константинополя, дворцы и храмы продолжали лежать в руинах. Несколько эпидемий чумы сократили численность его жителей до 50 тысяч человек. Во второй половине XV века турки-сельджуки практически полностью захватили владения Византии на Балканском полуострове. Угроза турецкого нашествия в Западную Европу стала как никогда реальной, и, желая предотвратить это бедствие, европейские государства раскошелились на очередной крестовый поход под предводительством короля Венгрии Сигизмунда. Увы, армия крестоносцев потерпела сокрушительное поражение от войск султана Баязида I. Остатки войск Сигизмунда во главе со своим предводителем сумели спастись за мощными стенами Константинополя.