9 февраля 2004 года в 7 км от Цхинвала грузинскими полицейскими был убит высокопоставленный чиновник Минобороны Южной Осетии Виктор Мамитов. В конце мая 2004 года на территорию грузинских анклавов был введен грузинский спецназ и отряды МВД, якобы призванные бороться с контрабандой. 19 августа Цхинвал был обстрелян из минометов, погибли 4 человека, но осетины ценой одного погибшего уничтожили грузинский отряд у села Тлиакан – потери агрессора составили 16 военнослужащих только убитыми. Саакашвили пришлось отвести свои отряды.
Зато Саакашвили начал активно вытеснять российские вооруженные силы, находившиеся в стране в рамках старых соглашений с Шеварднадзе. Отношения с Москвой быстро портились. Саакашвили активно продвигал идею строительства нефтепровода Баку – Тбилиси – Джейхан, формировавшего альтернативные по отношению к России трассы поставки нефтепродуктов в Европу. В марте 2006 года российский санэпиднадзор ввел запрет на ввоз грузинских вин. Через месяц это ограничение распространилось на «Боржоми». Под запрет заодно попали и абхазские вина. В мае 2006 года Тбилиси заявил о намерении войти в НАТО, а в сентябре в Тбилиси было арестовано четыре офицера ГРУ и 11 граждан Грузии, обвиненных в шпионаже. Министр обороны Вано Мирабишвили высказался откровенно хамски: «Россия еще никогда не была такой незащищенной и слабой, как сегодня… Весь мир увидел, что Россия – обыкновенная беспомощная страна, и миф о всемогуществе ее спецслужб – всего лишь миф, и он предан истории».
Арестам подверглись лидеры оппозиционной партии «Справедливость» Игоря Георгадзе, обвиненного в попытке государственного переворота. Было арестовано сразу 30 человек, из них 13 человек после непродолжительного суда получили от 2,5 до 8 лет тюрьмы. Российских граждан вскоре пришлось отпустить, но на этом кризис не закончился. Россия в одностороннем порядке приостановила авиационное, автомобильное, морское и железнодорожное, а также почтовое сообщение с Грузией. Из страны началась эвакуация российских граждан.
Одновременно Саакашвили начал активно выдавливать из Грузии российские военные базы, размещенные еще во времена Шеварднадзе. В этом его активно поддерживали американцы, отнюдь не торопящиеся убрать свою базу-тюрьму из Гуантанамо (Куба). По-другому поступила Москва, уставшая от обвинений в агрессивных настроениях. В июне 2007 года была закрыта российская база в Ахалкалаки на юге Грузии, прикрывавшая дружественную Армению со стороны Турции. В ноябре 2007 года досрочно была выведена техника из Батума.