Первым председателем КНБ был назначен руководитель республиканского КГБ (командовал ведомством с сентября 1991 года, сменив своего предшественника, который активно поддержал ГКЧП) генерал Булат Баекенов. На этом посту он проработал до декабря 1993 года, уйдя на повышение, – занял пост заместителя председателя (затем секретаря) Совета безопасности. Потом он был руководителем Службы охраны президента, откуда с почетом его проводили на пенсию. Основная его заслуга на посту председателя КНБ – сохранение ведомства в работоспособном состоянии. Вот только он не смог предотвратить «утечку» кадров в Россию.
В декабре 1993 года председателем КНБ стал первый зам. Булата Баекенова генерал Сат Токпакбаев. Этот человек был на тот момент, пожалуй, одним из самых опытных и образованных руководителей Комитета (юрфак Казахстанского государственного университета, Минская высшая школа КГБ и Высшая дипломатическая школа союзного МИДа), а в период становления КНБ он руководил ключевым региональным подразделением – управлением по Алма-Ате и Алма-Атинской области. С учетом уже накопленного опыта КНБ стал функционировать именно как спецслужба – задачи и функции при Булате Баекенове были окончательно отработаны, и его преемнику было необходимо только следить за соответствием «формы» и «содержания».
Сат Токпакбаев – опять же, как и его предшественник, – входил в ближайшее окружение президента, что автоматически усиливало его роль и расширяло спектр полномочий. Отток кадров продолжился (в частности, начальник контрразведки Третьяков ушел начальником УФСБ Челябинской области); зато – плохо это или хорошо – кадровый состав КНБ стал соответствовать общереспубликанскому, вошел, так сказать, в резонанс с общим направлением развития страны. Летом 1995 года Пограничные войска были выведены из структуры КНБ и стали самостоятельным Государственным комитетом по охране государственной границы.
В конце 1995 года его назначили начальником Службы охраны президента, а председателем КНБ стал Дженисбек Джуманбеков (кстати, аккурат к собственному пятидесятилетию). В советское время он работал по линии 5-го управления КГБ и в ряде региональных структур госбезопасности. В 1992 году он возглавил Джамбульское управление, а в 1994 году стал первым заместителем председателя КНБ.