5 августа двадцать граждан Киргизии задержаны в Казахстане по подозрению в распространении крайне экстремистских религиозных идей. В МВД Казахстана поступил сигнал от узбекских коллег о том, что в оздоровительном лагере «Березка» в ущелье Макпал на территории Жамбыльской области Казахстана проходят военную подготовку около 60 боевиков-ваххабитов. Все они, в том числе и 20 граждан Киргизии, были арестованы группой бойцов местного спецназа. Арестованные отрицают свою причастность к ваххабитам. При обыске у них была обнаружена литература на арабском языке.
6 августа Абдрахман Маматалиев и трое офицеров Ошского управления МНБ в Баткен не вернулись, став заложниками боевиков, выдвинувших требование о пропуске их группы по территории Киргизии в Узбекистан.
7 августа. Таджикские пограничники предпринимают дополнительные меры по обеспечению безопасности таджикско-киргизской границы на ее восточном припамирском участке. Эти меры предприняты в связи с возможным просачиванием через границу вооруженных групп молодых людей, которые именуют себя «узбекскими беженцами».
В период с 7 по 12 августа идут переговоры с боевиками по поводу освобождения заложников. Одновременно правительственные подразделения предпринимают меры по локализации группировки и готовится войсковая операция по уничтожению террористов. Официально об этом не сообщается, но в Баткене находятся подразделения узбекистанского спецназа и спецназовцы-инструкторы из Душанбе. Общее командование операцией на юге осуществляет министр обороны генерал-полковник Мырзакан Субанов.
12 августа освобожден захваченный 6 августа полковник Министерства национальной безопасности Киргизии Конурбаев. Через него террористы передали свои требования властям республики.
13 августа в результате переговоров между руководством силовых структур Киргизии и лидерами боевиков освобождены все заложники. По данным некоторых СМИ, бандитам заплачен выкуп в размере 50 тысяч долларов и передано большое количество продовольствия.
15 августа силами одного звена фронтовых бомбардировщиков «СУ-24» военно-воздушных сил Узбекистана нанесены бомбовые удары по местам размещения боевиков. В этот же день из Душанбе поступила информация о том, что пограничные с Киргизией восточный Джиргатальский и Гармский районы Таджикистана, а именно населенные пункты Хаит, Джиргаталь, Кушагба и Тандыкуль, подверглись бомбардировке неопознанными самолетами. Всего на территорию района было сброшено восемь бомб с четырех самолетов типа «Су». Бомбы разорвались в безлюдной зоне, и человеческих жертв не было, погибло около полутора десятков голов скота. Официальные источники в Таджикистане отказываются давать какие-либо комментарии по поводу случившегося и ограничиваются лишь общими фразами типа «Мы пока не располагаем информацией о том, кому принадлежали эти самолеты, а также о причине бомбометания». В главном штабе ВВС РФ сообщили, что российские самолеты в эти дни не проводили полетов в Джиргатальском районе. В Минобороны РФ подтвердили, что удар нанесли фронтовые бомбардировщики «Су-24», принадлежащие узбекским ВВС.