21 августа министр обороны Мырзакан Субанов докладывает премьер-министру Амангельды Муралиеву о том, что все боевики уничтожены.
Рано утром 22 августа последние воинские подразделения покидают Баткен и направляются к местам своей постоянной дислокации. В конце того же дня группа боевиков численностью около 30 человек захватывает села Зардалы и Ходжа-Ачкан Баткенского района Киргизии, захвачен также временный поселок геологов в местечке Жылы-Суу. Бандитами захвачены командующий внутренними войсками МВД Киргизии генерал Анарбек Шамкеев (был освобожден через два месяца после длительных переговоров с боевиками), солдат срочной службы, четверо японских геологов и их переводчик. По мнению руководителей киргизских силовых структур, это то же самое бандформирование, которое вторглось на территорию Киргизию из Таджикистана 31 июля. «Силовые структуры предпринимают меры по блокированию боевиков в захваченных ими населенных пунктах. По некоторым сведениям, на поддержку к бандитам из Таджикистана направляется новая группа боевиков численностью до 200 человек».
Ночью с 23 на 24 августа в результате попытки боевиков спуститься в долину в 5 км восточнее села Кан начался бой. По официальной информации из Министерства внутренних дел Киргизии, боевики отступили в глубь ущелья. По уточненным данным, на 24 августа боевиков уже не менее двухсот человек, и они относятся к непримиримой исламской оппозиции, которая базируется в Джиргатальском и Гармском районах Таджикистана и которую возглавляет Джума Намангони. Непосредственно в Баткенском районе Киргизии боевиками командует полевой командир Азизхан.
24 августа – в прямой связи с событиями в Баткене – указом президента Аскара Акаева отправлен в отставку министр обороны генерал-полковник Мырзакан Субанов. Непосредственное руководство боевыми действиями на юге республики возложено на командующего Национальной гвардией республики генерал-лейтенанта Абдыгула Чотбаева.
В тот же день в Бишкеке начался саммит так называемой «Шанхайской пятерки». Среди прочих в повестке дня стоит и вопрос о сотрудничестве в области борьбы с международным терроризмом, религиозным экстремизмом, сепаратизмом и незаконным оборотом наркотиков.
25 августа. Боевиков, по последним данным, уже более трехсот пятидесяти человек. Согласно источникам в правоохранительных органах Узбекистана, этот же отряд, который состоит из узбеков, таджиков, арабов и афганских пуштунов, еще 20 августа совершил нападение на метеостанцию близ границы с Таджикистаном (ледник Абрамова). Бандиты захватили 10 сотрудников метеостанции и 6 местных туристов. Метеорологов позже отпустили. В Министерстве национальной безопасности Киргизии есть информация о том, что небольшими группами пробираются через киргизскую территорию в Узбекистан не менее тысячи человек. Состоялись телефонные переговоры между президентом Киргизии Аскаром Акаевым и премьер-министром Японии Кэйдзо Обути по поводу находящихся в заложниках японских граждан. Ситуацию в Баткенском районе и совместные действия Киргизии и Таджикистана по уничтожению боевиков Аскар Акаев обсуждал и с таджикским президентом Эмомали Рахмоновым.