31 августа в республике празднуется День независимости. Несмотря на все слухи о возможных терактах, праздник проходит спокойно.
В течение 1–3 сентября боевики ведут себя тихо, лишь по ночам происходят незначительные перестрелки. О судьбе заложников ничего конкретного не известно, на контакты террористы не идут.
4 сентября. Лидер боевиков Тохир Фарух потребовал от властей Узбекистана освободить его сторонников, находящихся в заключении. Только в этом случае, говорится в заявлении лидера «Исламского движения Узбекистана», будут освобождены заложники. В заявлении содержится также требование открыть в Узбекистане тысячу мечетей и медресе. Военные действия на территории Киргизии происходят, говорится в заявлении, «из-за недальнозоркости бишкекских властей». Тохир Фарух требует убрать войска и не препятствовать проходу его людей в Узбекистан.
В тот же день, по официальным данным, в результате военной операции, правительственными войсками освобождены перевал Бок-Баши и район ледника Абрамова на границе Чон-Алайского района Киргизии и Джиргатальского района Таджикистана. По информации из правительственных структур, в Чон-Алайском районе боевиков больше нет. О потерях с обеих сторон не сообщается.
5 сентября становится известно, что за распространение листовок экстремистского толка в Араванском районе на юге Киргизии задержаны четверо местных жителя. У задержанных были изъяты 62 книги, брошюры, плакаты и листовки религиозно-экстремистского толка. Правоохранительными органами проводится расследование по данному факту. Местные власти ведут агитационную работу среди населения южных районов Киргизии, призывая их не поддаваться на провокации исламистов и сохранять спокойствие.
К 5 сентября правительственными войсками очищены от террористов села Зардалы и Коргон в Баткенском районе. По данным разведки, наибольшее скопление боевиков в 400 человек наблюдается в районе населенного пункта Ходжа-Ачкан. Спецподразделения «принимают все меры для освобождения заложников».
Четверо японских геологов вывезены на территорию Таджикистана и могли находиться в районе населенного пункта Джиргаталь или поблизости от Комсомолабада.
6 сентября МИД Киргизии выступил с заявлением. Киргизия призвала ООН, ОБСЕ и другие международные организации дать «принципиальную оценку» событиям в ее южных районах.