Директор Службы и семь его заместителей.
Служба контрразведки (СКР) ФСБ РФ:
Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности;
Управление контрразведки на объектах;
Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности;
Департамент военной контрразведки.
В настоящее время, помимо борьбы со шпионажем, деятельность Службы контрразведки (СКР) осуществляется в сфере обеспечения безопасности российских учреждений и граждан за рубежом, режима въезда-выезда и пребывания иностранных граждан в Российской Федерации, борьбы с незаконной миграцией, оперативного прикрытия госграницы, оперативного розыска. Кроме того, СКР совместно с заинтересованными подразделениями ФСБ осуществляет меры, направленные на обеспечение безопасности представительств иностранных государств на территории РФ.
Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСиБТ) ФСБ РФ:
Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом (УБТПЭ);
Антитеррористический центр / Центр специального назначения;
Управление по борьбе с международным терроризмом (УБМТ);
Организационно-оперативное управление;
Оперативно-розыскное управление (ОРУ).
Пограничная служба ФСБ РФ.
Служба экономической безопасности (СЭБ) ФСБ РФ:
Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»);
Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта (Управление «Т»);
Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К»);
Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление «М»);
Организационно-аналитическое управление;
Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков.
Административная служба ФСБ РФ:
Служба оперативной информации и международных связей (бывшая служба анализа, прогноза и стратегического планирования);
Аналитическое управление;
Управление координации оперативной информации (УКОИ);
Управление стратегического планирования;
Отдел открытой информации;
Управление международного сотрудничества.
Служба организационно-кадровой работы ФСБ РФ:
Управление специальных регистраций;
Организационно-плановое управление;
Управление кадров.
Контрольная служба ФСБ РФ:
Инспекторское управление;
Контрольно-ревизионное управление;
Управление собственной безопасности.