Научно-техническая служба ФСБ РФ:
Управление заказов и поставок вооружений, военной и специальной техники;
Управление оперативно-технических мероприятий (УОТМ);
НИИ информационных технологий;
Научно-исследовательский центр.
Служба обеспечения деятельности ФСБ РФ:
Финансово-экономическое управление ФСБ РФ;
Управление материально-технического обеспечения (УМТО) ФСБ РФ;
Управление капитального строительства ФСБ РФ;
Финансово-экономическое управление ФСБ РФ.
Подразделения центрального подчинения ФСБ РФ:
Следственное управление ФСБ РФ;
Следственный изолятор «Лефортово» ФСБ РФ;
Управление научно-технического обеспечения (УНТО) ФСБ РФ;
Институт криминалистики ФСБ РФ;
Управление делами ФСБ РФ;
Приемная ФСБ РФ (на правах отдела);
Договорно-правовое управление ФСБ РФ;
Служба специальных мероприятий ФСБ РФ;
Центр безопасности связи (создан на базе Главного управления безопасности связи ФАПСИ) ФСБ РФ;
Центр информационной безопасности. Создан на основе Управления компьютерной и информационной безопасности департамента контрразведки ФСБ РФ;
Центр по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны ФСБ России (Центр «ЛСЗ») ФСБ РФ;
Центр специальной техники ФСБ РФ;
Центр оперативно-пограничных исследований ФСБ РФ;
Оперативно-поисковое управление (ОПУ) ФСБ РФ;
Управление программ содействия ФСБ РФ;
Центр общественных связей ФСБ РФ;
Управление регистрации и архивных фондов (УРАФ) ФСБ РФ;
Центральный архив ФСБ РФ;
Управление радиоконтрразведки (управление «Р») ФСБ РФ;
Управление авиации ФСБ РФ;
Управление специальной связи ФСБ РФ;
Военно-медицинское управление (ВМУ) ФСБ РФ;
Военно-строительное управление ФСБ РФ;
Комендантская служба ФСБ РФ;
Дежурная служба ФСБ РФ;
Десятый отдел (военно-мобилизационный) ФСБ РФ;
Академия ФСБ РФ[22].
Региональные Управления ФСБ РФ:
УФСБ по Республике Адыгея;
УФСБ по Алтайскому краю;
УФСБ по Архангельской области;
УФСБ по Астраханской области;
УФСБ по Амурской области;
УФСБ по Республике Бурятия;
УФСБ по Брянской области;
УФСБ по Республике Башкортостан;
УФСБ по Белгородской области;
УФСБ по Вологодской области;
УФСБ по Волгоградской области;
УФСБ по Воронежской области;
УФСБ по Владимирской области;
УФСБ по Республике Дагестан;
УФСБ по Еврейской автономной области;
УФСБ по Ивановской области;
УФСБ по Республике Ингушетия;
УФСБ по Иркутской области;