Пожалуй, единственный в истории Соединенных Штатов кандидат в президенты не стал проявлять никакой активности. Он спокойно жил в Монтиселло, предоставив республиканцам заниматься предвыборной кампанией. И все же для победы над Джоном Адамсом ему не хватило всего четырех голосов. Второе место давало право на пост вице-президента.
В 1800 году Джефферсон вновь выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах. На этот раз избирательную кампанию развернули с большим размахом. Была издана биография лидера республиканцев, а единомышленники вице-президента даже написали песню: «Джефферсон и свобода». 12 декабря 1800 года в Монтиселло прискакал гонец с запиской о победе.
С первых же дней новый президент нарушил введенные Вашингтоном традиции, согласно которым престиж президента поддерживался дистанцией между руководителем страны и народом, а также внешней пышностью церемониалов и быта. На церемонию введения в должность Джефферсон пришел пешком, в скромной одежде и без парика. Из обихода ушли вычурные обращения и остался только «мистер». Президент отказался от четверки лошадей с эскортом в ливреях. Он предпочитал выезжать верхом, но, правда, с охраной. Послания к Конгрессу перестали зачитываться им лично и просто направлялись по почте (эта традиция сохранялась вплоть до 1913 года). Частые застолья в его доме славились непринужденностью обстановки и интересными беседами. Даже свой день рождения президент хранил в тайне, чтобы избежать каких-либо церемоний, например бала по этому поводу, который давался при предыдущих правителях.
К числу достижений третьего президента следует отнести обеспечение выплаты национального долга, образовавшегося еще во время революции и предыдущего правления. Причем добиться этого удалось на фоне резкого уменьшения налогов путем строжайшей экономии федеральных расходов. В 1803 года Джефферсону удалось почти вдвое увеличить территорию Соединенных Штатов за счет покупки всего за 125 тыс. долларов Луизианы.
Успехи внешней и внутренней политики позволили автору Декларации независимости выдвинуть свою кандидатуру на выборах 1804 года и победить. В инаугурационном обращении он обещал американцам дальнейшее уменьшение налогов. Но на третий срок свою кандидатуру президент выдвигать не стал, считая это неделикатным по отношению к памяти Вашингтона. Новым президентом стал республиканец Медисон, то есть партия президента не утратила своего влияния.