Главное дело жизни Джефферсона закончилось. Он спокойно зажил в Монтиселло и почти не интересовался политикой. Соратники по партии звали его вернуться, в 1812 году предлагали вновь баллотироваться на президентских выборах. Он неизменно отказывался. Семья (у президента было одиннадцать внуков), хозяйство, обширная корреспонденция, чтение, научные изыскания – вот главные занятия последнего из «отцов-основателей» Соединенных Штатов в этот период.
В доме постоянно бывало множество посетителей. Хозяин Монтиселло имел наготове пятьдесят кроватей на случай, если гостей бывало очень много. С равным вниманием Джефферсон принимал у себя и Лафайета, и соседа-фермера, и партийного лидера. Посетителям показывалась галерея, где висела коллекция картин Рафаэля, Рубенса, Пуссена, других мастеров кисти. Постоянное общение не мешало научным занятиям. Джефферсон был известен своими работами по сравнительному анализу классификаций органического мира Линнея, Кювье и Блюменбаха, описанием и характеристикой американских и сибирских ископаемых, трудами по математике, стандартам мер и весов, языкознанию. Большую известность приобрели его критические заметки к философии Юма и Блекстона, разбор философии эпикурейцев. Не меньшим интересом пользовались коллекции американских редкостей, в том числе останки доисторических животных. В течение многих лет, вплоть до 1814 года, Джефферсон состоял президентом Американского философского общества (Академии наук). Единственный среди американцев, его современников, был избран во Французский институт (Академию наук). Среди иностранцев таких членов насчитывалось всего восемь человек.
И все же его деятельная натура требовала выхода на общественном поприще. Теперь появилось время для возобновления работы по созданию системы общественного просвещения. Главным итогом этой колоссальной работы стал созданный в 1819 году Виргинский университет. Джефферсон добился принятия закона о его основании, занимался архитектурным планированием, созданием системы обучения, изыскивал средства для строительства. В результате Виргиния, да и вся Америка, получила лучший по тем временам университет.
Весной 1826 года Джефферсон стал испытывать сильное недомогание. Он говорил: «Я, как старые часы, у которых стерлась шестерня там и колесо здесь, еще немного – и они не смогут идти». Чувствуя приближение смерти, экс-президент написал завещание. А 4 июля 1826 года, в пятидесятый День независимости США, автора Декларации независимости не стало. В маленьком ящике рабочего стола была найдена записка с образцом надгробной надписи. Она показывает, что именно считал Джефферсон главным итогом своей долгой и насыщенной жизни. Вот ее текст: «Здесь похоронен Томас Джефферсон, автор Декларации американской независимости, виргинского статута о религиозной свободе и основатель Виргинского университета».