19 июня 1992 года в Москве Абрамович был заключен под стражу по подозрению в совершении хищения с помощью подложных документов 55 вагонов с дизельным топливом с Ухтинского нефтеперерабатывающего завода на сумму 3,8 млн рублей. Как сообщала ухтинская газета «НЭС+С», «в феврале 1992 года из Ухты в Москву прибыл железнодорожный состав с 55 цистернами (3,5 тыс. тонн дизельного топлива). Через несколько дней состав двинулся в Калининградскую область, но по пути бесследно исчез. Как позже выяснилось, он отправился в Латвию. Горючее было отправлено с Ухтинского НПЗ, а получателем вместо сыктывкарской фирмы “АВЭКС-Коми” оказалось московское предприятие “АВК”, генеральным директором которого был Роман Абрамович.
Когда расследование было уже фактически закончено, неожиданно возник директор совместного латвийско-американского предприятия Чиковани. Это предприятие проплатило Ухтинскому НПЗ 3 млн 800 тыс. рублей за 55 цистерн с горючим. Оказалось, что у фирмы “АВЭКС-Коми” существовал с латвийским предприятием договор на поставку нефтепродуктов, причем срок оплаты был определен до 31 декабря 1992 года, хотя первоначально “АВЭКС-Коми” вообще не хотело признавать договор с НПЗ. Таким образом, никакого ущерба государству нет, а значит, нет и виновных: 1 декабря 1992 года уголовное дело было закрыто за отсутствием состава преступления, и подозреваемый вышел на волю».
В 1993 году бизнесмен продолжил коммерческую деятельность теперь уже своей новой фирмы «Меконг». Он, в частности, занимался продажей нефти из сибирского Ноябрьска. Затем Роман учреждал многие фирмы-однодневки для «прихватизации» предприятий металлургии и нефтепереработки, скупая их за бесценок.
На паях с Борисом Березовским Романом Абрамовичем были созданы офшорная фирма Runicom Ltd, зарегистрированная в Гибралтаре, и пять ее дочерних предприятий в Западной Европе. В 1993–1996 годах Роман Аркадьевич возглавлял Московское представительство компании Runicom S.A. (Швейцария).
В 1995 году, в канун новых выборов президента России, Березовский подсказал Ельцину, где взять дополнительные деньги для предвыборной кампании – из «черного золота» Сибири. 24 августа 1995 года вышел указ президента о «создании АООТ “Сибирская нефтяная компания”». Она возникла в обход утвержденной государством структуры нефтяной отрасли. Контроль за «Сибнефтью» был отдан в руки Абрамовича. В июне 1996 года он вошел в состав совета директоров АО «Ноябрьскнефтегаз» (одна из компаний, входящих в «Сибнефть»), а также стал главой московского представительства «Сибнефти».