С началом войны Вернадский с женой эвакуировался вместе с Академией наук в Боровое (Казахстан). Здесь в течение двух лет он работал над своим самым большим, обобщающим трудом «Химическое строение биосферы Земли и ее окружения». Замысел работы до сих пор поражает своим размахом. После смерти автора над этой рукописью работала А. Шаховская, а после ее смерти – К. Флоренский. С его предисловием и под его редакцией книга вышла в 1965 г.
Вернулся Владимир Иванович в Москву только в конце августа 1943 г. Здесь он занялся составлением хроники своей жизни, истории зарождения и развития своих идей и практических дел, словно сознательно готовясь к уходу из жизни. Но его еще ждало тяжкое личное испытание: 3 февраля 1944 г. внезапно скончалась Наталья Егоровна – его самый близкий друг и помощник.
Вернадский начинает работать над проектом института под Москвой, ведет борьбу с цензурой научных журналов, надеясь на большую свободу после войны. Ценного для страны специалиста власти не «обижают» и к 80-летию награждают Сталинской премией в 200 тысяч рублей, половину которой он сразу же передает на нужды обороны, и орденом Трудового Красного Знамени за выдающиеся заслуги в области науки и техники и за развитие геохимии и генетической минералогии.
Умер Владимир Иванович в Москве 6 января 1945 г. от кровоизлияния в мозг. В полном объеме работы ученого не публиковались вплоть до 1990-х гг. Но его фундаментальные труды и идеи не потеряли актуальности и практического значения и в наши дни. Из более чем 700 опубликованных сочинений 100 посвящено минералогии, 70 – биогеохимии, 50 – геохимии, 43 – истории наук, 37 – организационным вопросам, 29 – кристаллографии, 21 – радиогеологии, 14 – почвоведению, остальные – разным проблемам науки. Многие идеи Вернадского оказались пророческими, хотя не находили понимания у современников. Он предвидел глобальные экологические проблемы, о которых в начале XX в. никто не задумывался: «В геологической истории биосферы перед человеком открывается огромное будущее, если он поймет это и не будет употреблять свой разум и свой труд на самоистребление».
В. И. Вернадского справедливо называют Ломоносовым XX в. за редкую синтезирующую способность, всеохватность его творческого гения. Великий естествоиспытатель-мыслитель создал не только целый комплекс наук о Земле, но и оставил в наследство потомкам целостное видение мира и задач человека разумного, предсказав будущие пути его развития. Недаром говорили, что Вернадский в одном лице может представлять целую академию. Поэтому вполне справедливо и естественно выглядит взрыв посмертной славы гениального ученого. Его имя носят: кратер на обратной стороне Луны, пик в бассейне р. Подкаменная Тунгуска, гора на о. Парамушир (Курильские острова), подледные горы в Восточной Антарктиде, подводный вулкан в Атлантическом океане, минерал вернадит, диатомовая водоросль, рудник в районе озера Байкал, научно-исследовательское судно НАНУ, украинская научная станция в Антарктиде. АН России и НАН Украины ежегодно присуждаются премии им. Вернадского за выдающиеся научные работы в области минералогии, геохимии и космохимии. Академией наук России учреждена золотая медаль. В 2000 г. на всеукраинском шоу «Человек года» ученого за его огромные заслуги перед Украиной и Россией, перед мировой наукой и человечеством назвали «Человеком века». И это справедливо, ведь поставленную перед собой в молодости задачу «приносить самую активную пользу тем, кто его окружает» Владимир Иванович выполнил полностью.