Днем и ночью безпрерывно занимались священнослужители напутствием умиравших и погребением их, а простые иноки поданием помощи болящим, непрестанно вновь прибывавшим, и уходом за ними. Соборный ключарь Иван Наседка пишет, что он со священником Иоанном, по распоряжению Дионисия, ходили по окрестным слободам и в течение тридцати недель погребли более 3000 человек; он же с братом своим Симоном похоронил до 4000 мертвецов, «и как теперь помню, – говорит он в написанном им житии святого Дионисия, – что в один день похоронили в струбе на Клементьевке, у Николы Чудотворца 860 человек, да в другом убогом доме 640 и на Терентьевой роще 450… да зимою и весною погребал я всякий день тех, которые не хотели быть положенными в убогих домах, и ежедневно случалось до шести и более похорон, а в одной могиле иногда не клали по одному человеку, но не менее трех, а иногда и до пятнадцати; все сии беды продолжались полтора года».
С этой частной заботой Дионисий соединял заботы и о целом Государственном здании отечества. Он вел обширную переписку, и грамоты его были исполнены болезнования о всем государстве Московском, о междоусобице, в которой восстали отец на сына и сын на отца и брат на брата; оплакивая измену православной вере, он выставлял клятвопреступную измену лучших людей польских и литовских, целовавших Животворящий Крест в том, чтобы на Московском царстве быть королевичу Владиславу в православной нашей истинной вере и им до одного человека уйти с королем от Смоленска в Литву – и во всем солгали. «Изменники выжгли, – писал он, – Московское государство, людей секли, храмы Божии разорили и поругали, святейшего патриарха, исповедника Гермогена, с безчестием низринув, заключили в тюремный затвор». Дионисий и келарь писали в Рязань, на север, в Ярославль и Нижний, писали в Пермь и другие города, умоляя о поспешнейшем сборе ратных людей на спасение веры и отечества. Между тем Ходкевич прибыл с новыми войсками на помощь полякам к Москве. Пожарский медлил в Ярославле, опасаясь смут и заговоров в русском стане под Москвой. Дионисий послал келаря Авраамия Палицына убедить Пожарского отвергнуть страх и положиться на Бога, и наконец, 11 августа 1612 года, близ Лавры, на горе Волкуше, Дионисий благословлял воинство, шедшее на брань в то время, когда бурный противный ветер смущал сердца воинов. Дионисий молился Господу, призывая к молитве и воинство. Господь обрадовал их чудным внезапным изменением ветра, который подул в тыл войску, как напутственное веяние благословения воинам от дома Живоначальной Троицы и святых мощей угодников Божиих. Келарь Лавры Авраамий был отпущен с Пожарским под Москву и с тех пор находился безотлучно при войсках, водворяя мир и тишину посреди враждовавших Пожарского с Трубецким. В сражении на Девичьем поле, по его увещанию, удалившиеся в свои окопы казаки бросились через Москву-реку в помощь войску русскому, бившемуся с поляками – разбили и прогнали врагов. Кремль и Китай-город оставались еще в руках врагов.