В системе трех управлений НКО и НК ВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).
Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники, во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.
Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3-и отделы были организованы при Ставках главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.
Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным Иосифом Сталиным, органы 3-го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы, а само Управление НКО получило наименование «Управление Особых отделов с передачей в НКВД СССР»[8].
Главной задачей Особых отделов согласно постановлению ГКО от 17 июля 1941 года стала «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе».
Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов родины»[9].
19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.
Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) управления НКГБ комиссар 3-го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 1920-е годы). Были назначены начальники Особых отделов: