Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;
Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;
Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;
Юго-Западного фронта – бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;
Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;
Западного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.
В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны, с укомплектованием этих частей из войск НКВД[10].
В августе – декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления особых отделов появились еще два заместителя – дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.
Всего в августе 1941 года по штатам Управления особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек[11].
После передачи в январе 1942 года 3-го управления НК ВМФ в состав УОО был организован 9-й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид:
Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).
Секретариат (Яков Михайлович Броверман).
Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).
Следственная часть (Борис Семенович Павловский):
1-е отделение (по шпионажу);
2-е отделение (антисоветские формирования);
3-е отделение (по руководству следственной работой на периферии).
1-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):