Амплификация зонда. При использовании этих методов продукт амплификации представлен только нуклеотидными последовательностями, входящими в состав зонда. Наиболее известным вариантом этого метода является лигазная цепная реакция.
Амплификация мишени. Все методы, относящиеся к этой группе, основаны на проведении энзиматических реакций, в процессе которых один или несколько ферментов синтезируют множественные копии нуклеиновой кислоты – мишени.
Классическая ПЦР. Амплификация ДНК-мишени осуществляется в ходе повторяющихся циклов, каждый из которых включает денатурацию ДНК-мишени при температуре более 900С, отжиг на каждой одноцепочечной молекуле ДНК комплементарного праймера (олигонуклеотида) при понижении температуры до 550С – 650С, достройку двухцепочечной молекулы ДНК с каждого праймера в результате энзиматической активности термостабильной ДНК-полимеразы. По окончании цикла происходит удвоение фрагментов ДНК-мишени. Для детекции продуктов амплификации используются электрофоретический и гибридизационно-флуоресцентный методы.
ПЦР в реальном времени позволяет предотвратить перекрестную контаминацию исследуемых образцов, которая свойственна классической ПЦР, благодаря её высокой чувствительности. Для детекции продуктов амплификации разработаны технологии, основанные на комплексе ферментативных реакций, в результате которых в реакционной смеси возникает флюоресцентный сигнал, по интенсивности пропорциональный количеству образовавшегося продукта амплификации. ПЦР в реальном времени может быть использована для определения количественного содержания ДНК-мишени в биологическом образце.
Методы амплификации, основанные на транскрипции, реализуются при постоянной температуре, а мишенью является РНК хламидий. На начальных этапах реакции при участии обратной транскриптазы на матрице РНК – мишени происходит синтез комплементарной ДНК. Затем с помощью РНК полимеразы синтезируются множественные копии РНК. В настоящее время распространены амплификация, основанная на транскрипции (TMA – Transcription Mediated Amplification) и амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA – Nucleic Acid Sequence Based Amplification), различающиеся происхождением используемых в реакциях ферментов и методами детекции продуктов амплификации.