Метод амплификации со смещением цепочки относится к изотермическим, концептуально сложен, но технически прост в исполнении и наиболее часто используется для детекции не только хламидий, но и гонококков. Следует заметить, что в Скандинавии появились варианты C. trachomatis, у которых в результате мутации отмечено отсутствие участка криптической плазмиды C. trachomatis, являющейся мишенью для данного метода.
Таким образом, для постановки диагноза урогенитальной хламидийной инфекции рекомендуeтся использовать валидные и разрешенные к применению методы, основанные на амплификации нуклеиновых кислот (МАНК) и не рекомендуются использование культурального метода и методов основанных на выявлении антигенов хламидий или антител к ним, экспресс-тесты у постели больного. Наиболее информативным может быть клинический материал, если он получен при наличии клинических признаков заболевания, отсутствии использования лекарственных препаратов местно минимум в течение последних 48 – 72 часов, в середине менструального цикла в дни, когда нет кровянистых выделений.
Если, например, при ПЦР в реальном времени обнаруживается 469 копий / мл и выше, то концентрация хламидий считается диагностически значимой и назначается этиотропная и иммунокорригирующая терапия. В противном случае (при концентрации хламидий 100 – 498 копий / мл ) результат исследования признаётся сомнительным и требуется применение культурального метода. В последнем случае окончательно решается: есть инфицирование хламидиями или нет. При этом скрининговые методы (ИФА, ПИФ) могут выступать при положительной детекции хламидий своеобразными «поставщиками» клинических образцов для дальнейшего исследования МАНК. Последние решают проблему низкой чувствительности культурального метода, но не могут его заменить при определении чувствительности хламидий к антибиотикам.
Получение клинического образца. Оптимальным для присутствия и размножения хламидий являются определенные участки цилиндрического эпителия: слизистая оболочка цервикального канала на глубине 1,5 см. При взятии материала из этой зоны ключевым моментом является удаление слизистой пробки. От тщательности проведения этой подготовительной процедуры во многом зависит правильность соскоба клеток цервикального канала. Слизистую пробку удаляют ватным тампоном и пинцетом, а затем берут материал специальной щеточкой cervix brush / voba-brush или ложечкой Фолькмана. Для получения репрезентативного результата важно присутствие в образце клеток со всей поверхности цервикального канала и зоны трансформации. Щеточка вводится в канал на 1−2 см и вращается 15 секунд .