Многие из военных комиссаров отличились в боевых действиях против белогвардейцев и интервентов. За время Гражданской войны 39 членов РВС фронтов и армий и 499 военных комиссаров были награждены орденом Красного Знамени и Почетным революционным оружием.
Создание института комиссаров в годы Гражданской войны явилось вынужденной, но необходимой мерой, которая в целом себя оправдала. Более того, оно сыграло важнейшую роль в укреплении боеспособности Красной Армии и ее дисциплины, достижении победы над внутренними и внешними врагами. Этот институт явился основным, цементирующим стержнем партийно-политического аппарата в Красной Армии.
Проведение военной реформы в СССР в 1924–1925 гг. и переход вооруженных сил на новый территориально-милиционный принцип комплектования поставили перед военно-политическим руководством государства сложные задачи по реорганизации армии и флота. 2 марта 1925 г. М. Фрунзе подписал приказ Реввоенсовета СССР «О введении единоначалия в РККА». Оно вводилось в двух формах: полное единоначалие устанавливалось там, где командир был членом партии и отвечал ее требованиям. При нем назначался помощник по политической части; неполное единоначалие предполагало наличие комиссара, который отвечал за партийную и политическую работу и помогал командиру в боевой подготовке.
6 марта 1925 г. было опубликовано постановление ЦК РКП(б) «Об единоначалии в Красной Армии», в котором отмечалось, что в настоящее время создались вполне благоприятные условия для проведения в жизнь принципа единоначалия. В постановлении также указывалось, что единоначалие в воинских частях будет проводиться в двух формах. Во-первых, в руках начальника и строевого командира полностью сосредоточиваются функции оперативно-строевые, административные и хозяйственные. Комиссар при этом, освобождаясь от обязанностей повседневного контроля строевой, административной и хозяйственной деятельности командира, сохраняет руководство политической и партийной работой в части и несет ответственность за ее морально-политическое состояние.
Во-вторых, в отношении тех партийных командиров, которые удовлетворяют требованиям партийно-политического руководства (т. е. могущие быть одновременно и комиссарами), будут совмещаться в их лице функции строевые, административно-хозяйственные и партийно-политического руководства.