В этот период не существовало и единого руководства всей сторожевой (станичной) службой на укрепленных линиях (границах). Каждый начальник на своем участке работал самостоятельно. Рост укрепленных линий (рубежей) и, вместе с этим, организационных и иных мер их охраны, привело к необходимости установления плановости в управлении сторожевой (станичной) службой. Поэтому, в 1571 году появляется «Уложение о станичной службе», регламентирующее права и обязанности стражи и порядок охраны рубежей. В 1574 году, в целях координирования деятельности дружин (частей), несущих сторожевую службу по всем укрепленным линиям (границам), назначается единый начальник над сторожевой и станичной службой.
Таким образом, только лишь в 1574 году произошло некоторое законченное оформление организации по охране укрепленных линий (границ), а в середине ХVII века, с ростом торгового капитала, снижением на местах самостоятельности князей, произошла централизация государственной власти и более менее точно была определена линия границы.
С момента зарождения пограничного надзора и до начала ХVII века основной причиной существования органов пограничного надзора являлась военная угроза со стороны сопредельных государств. Организацией пограничного надзора на границах преследовалась исключительно одна цель – обеспечение нерушимости границ от вторжения вооруженных сил соседнего государства. Влияние экономических причин, обуславливающих необходимость наличия на границах пограничного надзора, еще не наблюдалось. Но зарождение охраны границ в экономическом отношении все же обозначилось в первой четверти ХVI века с ростом торговых связей между государствами и появлением собственной промышленности в Российской Империи. Россия в торговле востока с западом являлась в то время транзитным государством, через территорию которого шли ценные восточные товары: шелк, меха, краски и т. д. В 1723 году, в целях пополнения казны и предоставления возможности развиваться внутреннему производству, был издан закон, которым частью запрещался вывоз и ввоз ряда товаров, а частью допускался, но не иначе как с обложением высокими пошлинами. Товары, идущие с востока на запад, стали облагаться слишком большими (высокими) вывозными пошлинами. Одновременно с этим, ряд промышленных изделий, ввозимых с запада, получил довольно высокую, доходившую до 74% стоимости товара, ввозную пошлину. Высокие пошлины тарифа, вызвали малоизвестный в то время промысел – контрабанду