К приезду владыки Ионы, созданная в 1657 г. епархия не имела ни Архиерейского дома, ни кафедрального собора. Все церкви были деревянными и часто страдали от городских пожаров. Поэтому, приступив в 1676 г. к строительству Кафедрального храма в честь Святой Троицы, святитель Иона решил возвести его в камне, тем самым, положив начало каменному зодчеству на Вятской земле.
Новое дело потребовало новых сил и ресурсов. В г. Хлынов были приглашены московские мастера и среди них «подмастерье каменных дел» Аверкий Мокеев, ранее принимавший участие в возведении построек в Валдайском и Ново-Иерусалимском монастырях (14, С. 213, а также РГАДА. Ф. 1193. Оп. 1. Д. 3. Л. 530). Построены кирпичный и колокололитейный заводы (15, С. 474). Чтобы обеспечить стройку всем необходимым, преосвященный Иона провел ревизию церковных владений и добился возвращения епархии земель и угодий, незаконно отторгнутых от нее в прежние годы, что вызвало неудовольство воеводы, но было, как воздух, необходимо для будущего епархии (14, С. 214).
Однако начавшиеся работы были омрачены бедствием, по своему размаху сравнимо с моровой язвой. В воскресенье 3 августа 1679 г. в Хлынове случился страшный пожар, в результате которого, по словам составителя «Времянника», «церкви святые все, и монастыри оба, и весь посад сгорели без остатку» (1, С. 59). В считанные часы город превратился в пепелище. Однако ни преосвященный Иона, ни хлыновцы не отчаялись и со временем смогли возродить свой город, украсив его дивными каменными храмами.
В 1683 г. был завершён строительством и освящён Свято-Троицкий кафедральный собор; в обители прп. Трифона возведены храм Успения Божией Матери (1689) и Никольская надвратная церковь (1695); в женском монастыре – храм Преображения Господня (1695) (1, С. 60—65; 14, С. 213; 15, С. 474). При этом святитель Иона распорядился перенести Воскресенскую церковь из Кремля на посад с таким расчетом, чтобы возрожденные «господские» храмы в честь Богоявления, Преображения, Воскресения и Вознесения Господня располагались вокруг каменного Спасского собора, возведенного в 1690 г. на «торгу» – главной городской площади. Так, чтобы жители могли видеть их на все четыре стороны. Подобно тому, как праведники в Царстве Небесном, куда бы они не обратили свой взор, везде будут видеть Лик Господа (25, С. 20—30).