Здесь, в Тихвине, будущему вятскому святителю довелось не только исполнять царские указы, но и столкнуться с произволом царских слуг. 3 апреля 1674 г. в Тихвинский посад приехал кашинский воевода Петр Арцыбашев в сопровождении вооруженных дворовых людей и стрельцов для сыска сбежавших со службы солдат. Не получив должного ответа от земских старост, Арцыбашев приказал их бить, а некоторых лично «топтал топтунками». Возмущенная толпа бросилась на штурм двора распоясавшегося воеводы, в ответ стрельцы открыли огонь, убив посадского человека и ранив девочку. Неизвестно, чем бы это закончилось. Но, к счастью, преосвященный Иона в сопровождении монастырских слуг лично приехал на посад и смог урезонить, как посадских людей, так и зарвавшегося царского посланника (14, С. 209; 20, С. 325—327).
23 августа 1674 г. архимандрит Иона был хиротонисан во епископа Вятского и Великопермского (15, С. 472). Чин поставления, на котором присутствовал царь Алексей Михайлович (21, С. 579), содержал новшество – епископ Иона обещал не вступать в общение «с латины, и с люторы, и с калвины, и со иными еретикы, аще случитися кому таковых прийти в царствующий град Москву» (15, С. 472), а также не оставить в своей епархии ни одного инославного (22, С. 137—138).
После чего преосвященный Иона еще четыре месяца находился в Москве: совершал богослужения вместе с патриархом Иоакимом и другими архиереями, трапезовал за царским и патриаршим столами, ходил «со кресты» к московским храмам, «по Кремлю и по Китаю», служил в Кремлевских соборах и монастырях, присутствовал при крещении новорожденной царевны Феодоры, участвовал в заупокойных богослужениях по царю Михаилу Федоровичу и боярину Борису Ивановичу Морозову. Только 26 декабря 1674 г. епископ Иона отправился во вверенную ему епархию (14, С. 209; 23).
О времени приезда епископа Ионы в г. Хлынов существуют разные мнения: епископ Платон (Любарский) считал, что это произошло 17 января 1675 г. (24, С. 166), А. А. Спицын – 11 января 1676 г. (25, С. 37). По мнению, Н. Е. Завойской и С. А. Шамина, верной является первая дата (14, С. 207; 15, С. 472), что подтверждается записью в вятском «Времяннике»: «Того же году (1674) генваря в 14 день приехал с Москвы преосвященный Иона епископ Вятцкий и Великопермьский в Котельнич, а из Котельнича в Хлынов того же месяца в 17 день» (1, С. 57). «И обрадовашася Вятския страны житилие своему владыце и сретоша его честно и богоугодно», – говорится в другом летописце (2, С. 25).