В шесть часов утра Орлов с Трифоновым прибыли в Царское Село. Императрица довольно долго и обстоятельно расспрашивала Трифонова о событиях на Яике, настроениях бунтовщиков. После аудиенции Орлов вручил гостю подарок – кошелек с 200 золотыми червонцами и отрезы дорогих тканей.
Результатом поездки Орлова и Трифонова в Царское Село явилось учреждение императрицей Секретной комиссии по поимке Пугачева. В ее состав вошли: лейб-гвардии лейтенант Галахов, Остафий Трифонов и майор Рунич, тяжело контуженный во время турецкой кампании.
Секретной комиссии были даны самые широкие полномочия. Галахов имел право получать паспорта на любое имя, он мог останавливать курьеров штабов любого уровня и знакомиться с перепиской должностных лиц. Членам комиссии дозволялось требовать от высших офицеров выделения в их распоряжение любых сил, необходимых для организации вооруженного конвоя.
Деятельность комиссии Галахова была обставлена чрезвычайными мерами секретности. Граф Петр Иванович Панин, назначенный Главнокомандующим «низовым» краем, был проинформирован о направлении в район мятежа Секретной комиссии, но даже он не знал какую цель она преследует.
5 августа 1774 года небольшой конный отряд – три члена Секретной комиссии и двенадцать преображенских гренадеров – выехал из Москвы по Рязанской дороге. В специальном ящике они везли 43 тысячи рублей; казначеем комиссии являлся Рунич.
Секретная комиссия миновала Арзамас, Апоченск, Саранск, Пензу, Камышин. Движение с каждым днем становилось все более опасным, и 15 августа маленький отряд пополнился двенадцатью гусарами и шестью гренадерами под командованием поручика Дидриха.
В конце августа 1774 года Секретная комиссия в полном своем составе прибыла в Саратов и разместилась в архиерейском доме. Остафий Трифонов получил паспорт, в котором указывалось, что он следует из Саратова в Яицкий городок. Генерал-майор Мансуров распорядился выделить комиссии трех надежных сотников – донских казаков. С ними Трифонову предстояло отправиться в глубь степи.
Галахов собрал совещание. После продолжительного обсуждения решили, что Галахов и Рунич с деньгами комиссии и конвоем Дидриха едут в Сызрань, где они ждут сигнала от Трифонова о поимке Пугачева. Сам Трифонов в сопровождении трех сотников переправляется через Волгу в районе Сызрани и в заволжской степи розыскивает свой отряд.