Галахов собирался выдать Трифонову тысячу рублей, но тот потребовал двенадцать тысяч, дескать, у него была на сей счет договоренность с императрицей. Галахов распорядился отсчитать Остафию три тысячи рублей из казны, а на остальные девять тысяч он написал расписку, пообещав выдать деньги в степи при встрече с казаками.
Комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов – в степь, а Рунич – в Пензу, на доклад графу Панину. Главнокомандующий «низовым» краем сообщил Руничу, что в ближайшие дни перенесет свою штаб-квартиру в Симбирск, и предложил именно туда доставить Пугачева.
Но Секретную комиссию опередили. 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки генералу Александру Васильевичу Суворову. С этого момента необходимость в Секретной комиссии отпала. Выполняя приказ Галахова, поручик Дидрих догнал Трифонова на симбирской дороге и сообщил ему, что Пугачев пленен и они вместе должны прибыть в Симбирск.
По пути отряд заночевал в деревне. Утром Дидрих обнаружил, что Остафий Трифонов исчез, прихватив три тысячи рублей казенных денег. Лошадь его была на месте, поэтому Дидрих и казаки сначала искали Трифонова в деревне и лишь потом бросились к тракту. Местный староста отрядил сотских и десятских старшин с крестьянами для поисков в соседних селениях и на проселочных дорогах. Но Трифонова словно след простыл.
Поручик Дидрих отправился в Симбирск. На четвертый день после бегства Трифонова туда же прибыли Галахов и Рунич. К сожалению, поручика в живых они не застали: тот скончался накануне «от разрыва сердца» – сказались переживания минувших дней.
При расследовании преступлений Пугачева члены сыскных комиссий пристальное внимание уделяли связям бунтовщиков со столицами и иностранцами. Афанасий Перфильев, ближайший помощник Пугачева, на допросе в Яицком городке, показал, что к восставшим приезжал гонец от Великого князя Павла Петровича и уверял Пугачева в полной поддержке его мятежа. Перфильев дал описание этого человека: «…башкир привез к Пугачеву какого-то купца-старика; росту он был среднего, лицом сухощав и рябоват, волосы – темно-русые с сединою, говоря пришамкивает, а лет ему около шестидесяти. Пред всем войском Пугачев заявил, что этот старик прислан от Великого князя Павла Петровича к нему с письмом».