Отдельные общежития не теряли связи друг с другом. Два раза в год все монахи должны были собираться в главном монастыре, настоятелю которого подчинялись «отцы» других монастырей. Узы эти были не только религиозными, т. к. все сработанное монахами доставлялось в Бафуа, где главный эконом распределял все между отдельными монастырями сообразно их нуждам. Излишки же отправляли в соседние города и даже в Александрию. Поэтому, несмотря на все старания преподобного Пахомия оградить монастырь от мира, связь эта постоянно крепла и развивалась.
Так, под неограниченной властью главного настоятеля жила крепкая и единая организация, к тому же монахи обеспечивали свое существование собственным трудом и торговыми отношениями с мирянами. В результате труд – нетвердый источник существования одиноких анахоретов и лавр – стал основой жизни в монастырях Пахомия Великого. Спасение души на собственный страх и риск заменилось спасением ее в определенных формах монастырской жизни, созданных сознательно и обдуманно. Жизни одинокого пустынника была противопоставлена общежительная жизнь монахов. И в то же время монахи, продавая свои товары, были связаны с мирянами.
Мудрость наставлений преподобного Пахомия привлекала к нему пустынников из соседних стран, даже если они и не находились под его управлением. Но в духовных своих поисках они искали его помощи, за которой настоятели и других монастырей в затруднительных случаях обращались к угоднику Божию как к человеку, получившему небесное просвещение. Не только из Египта, но с Запада и из Армении приходили к Пахомию Великому, а из его монастырей много иноков заняли епископские кафедры.
Казалось, что благочестие обителей, так хорошо и прочно устроенных, будет сохраняться долго. Но велика слабость человеческая! И будущая печальная участь их обителей не сокрылась от преподобного Пахомия. Однажды во время молитвы открылось ему, что одни из его братий окружены пламенем, из которого не могут выйти; другие так запутались в терниях, что они колют их со всех сторон; третьи стоят на краю пропасти и не могут отойти от нее. В другой раз, когда Пахомий молился о будущем обителей, перед его глазами предстал ров, наполненный иноками. Только начнут они подниматься, чтобы выбраться оттуда, как приходят другие и не выпускают их. Только немногих, которым с трудом удалось выбраться изо рва, осиял небесный свет. С рыданием упал преподобный на землю и стал громко взывать: «Господи! Если такова судьба иноков, то зачем Ты захотел, чтобы была киновия и монастыри? Помяни завет Твой, в котором Ты обещал до конца сохранить сослужащих Тебе! Ты знаешь, что с тех пор, как я принял на себя иноческий сан, я смирялся пред Тобою, не вкушал досыта хлеба и воды». И услышал в ответ слова: «Не хвались, слабый человек, но проси прощения. Все держится Моим милосердием».