Пахомий упал на землю и стал смиренно молить о прощении, и явился ему Господь и сказал: «Семя твое духовное не оскудеет до конца века. А из тех иноков, которые будут после тебя, многие выйдут из глубины мрачного рва и явятся высшими нынешних иноков, потому что без руководителей спасутся; иные спасутся через напасти и скорби, и явятся равными великим святым».
Пахомий Великий скончался от заразной язвы, которая распространилась в его монастырях. За довольно короткое время от нее умерли более 100 иноков, и сам Пахомий болел 40 дней, но всегда сохранял бодрое расположение духа. За два дня до смерти он созвал начальников и строителей всех монастырей своих и сказал им:
«Чувствую, что конец мой приближается. Будьте бодры в молитвах и рассудительны во всех действиях. Не имейте общения с последователями Мелетия, Ария, Оригена; сближайтесь только с теми, которые боятся Бога и могут принести вам пользу своей беседой, доставляя душам вашим истинное утешение. Изберите между вами человека, который бы правил вами по духу Божьему.
По желанию братии святой Пахомий назначил своим преемником Петрония, а любимому ученику своему Федору поручил попечение о ленивых иноках. А потом, оградив себя крестным знамением, со светлым лицом предал дух свой Богу. Скончался угодник Божий в мае 348 г., когда ему было 57 лет от роду; из них он 35 лет подвизался в монашестве.
После смерти преподобного Пахомия много бед претерпели его обители. И хотя в Египте, где основал он свои монастыри, сейчас почти нет и следа иноческой жизни, но правда его и наставления его живы до сих пор и в других странах руководят иноков к совершенству.
В Египте, где началась и стала устраиваться по определенному уставу жизнь первых христианских отшельников, началось и правильное устроение иноческой женской жизни. В «Беседе четвертой на Евангелие от Матфея» святой Иоанн Златоуст писал:
«В стране Египетской можно увидеть Христово воинство, и чудное общество и образ жизни, свойственный горним силам. И это открыто можно видеть не только на мужчинах, но и на женщинах, ибо и они любомудрствуют не меньше мужей. Они не берут щитов и не садятся на коней, как повелевают славные греческие законодатели и философы, но вступают в иную, гораздо труднейшую брань. Ибо они, как и мужи, вступают в брань с дьяволом и властями тьмы; и в сей брани естественная слабость пола вовсе не служит им препятствием, ибо нужно судить о таких бранях не по естеству тел, но по произволению души. Посему и жены часто превосходили подвигами своими мужей и воздвигали славнейшие знамения победы».